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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ofj | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT SPERM WHALE MYOGLOBIN L29H/H64L/D122N MUTANT (WITH INITIATOR MET) | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEME / MUSCLE PROTEIN / PEROXIDASE ACTIVITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liong, E.C. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Effects of the location of distal histidine in the reaction of myoglobin with hydrogen peroxide. 著者: Matsui, T. / Ozaki, S. / Liong, E. / Phillips Jr., G.N. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ofj.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ofj.ent.gz | 33 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ofj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ofj_validation.pdf.gz | 805.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ofj_full_validation.pdf.gz | 807.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ofj_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ofj_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 変異: INITIATOR MET, L29H, H64L, D122N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS STRUCTURE HAS FOUR DIFFERENCES RELATIVE TO THE NATIVE SPERM WHALE PROTEIN: AN INITIATOR ...THIS STRUCTURE HAS FOUR DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 20475 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→5 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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