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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mpy | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE (METAPYROCATECHASE) FROM PSEUDOMONAS PUTIDA MT-2 | ||||||
要素 | CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CATECHOL 2 (カテコール) / 3-DIOXYGENASE / EXTRADIOL DIOXYGENASE / NON HEME IRON DIOXYGENASE / METAPYROCATECHASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catechol 2,3-dioxygenase / catechol 2,3-dioxygenase activity / toluene catabolic process / ferrous iron binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kita, A. / Kita, S. / Fujisawa, I. / Inaka, K. / Ishida, T. / Horiike, K. / Nozaki, M. / Miki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: An archetypical extradiol-cleaving catecholic dioxygenase: the crystal structure of catechol 2,3-dioxygenase (metapyrocatechase) from Ppseudomonas putida mt-2. 著者: Kita, A. / Kita, S. / Fujisawa, I. / Inaka, K. / Ishida, T. / Horiike, K. / Nozaki, M. / Miki, K. #1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Expressed Pseudomonas Putida Catechol 2,3-Dioxygenase 著者: Kita, A. / Kita, S. / Inaka, K. / Ishida, T. / Horiike, K. / Nozaki, M. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mpy.cif.gz | 241.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mpy.ent.gz | 195.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/1mpy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35203.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FE(II) FORM 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 株: MT-2 / 遺伝子: XYLE / プラスミド: PHT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): XYLE 発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌) 株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P06622, catechol 2,3-dioxygenase #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-ACN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | RESIDUE 309S ARE ACETONE MOLECULES ASSIGNED TO THE APPROPRIATE DENSITY FEATURES. ACETONE IS ...RESIDUE 309S ARE ACETONE MOLECULES ASSIGNED TO THE APPROPRIAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Kita, A., (1997) J.Biochem.(Tokyo), 122, 201. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: FILM |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 46225 / % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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