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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mg1 | |||||||||
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タイトル | HTLV-1 GP21 ECTODOMAIN/MALTOSE-BINDING PROTEIN CHIMERA | |||||||||
要素 | PROTEIN (HTLV-1 GP21 ECTODOMAIN/MALTOSE-BINDING PROTEIN CHIMERA) | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HUMAN T CELL LEUKEMIA VIRUS TYPE 1 / HTLV-1 / ENVELOPE PROTEIN (エンベロープ (ウイルス)) / MEMBRANE FUSION / MALTOSE-BINDING PROTEIN CHIMERA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobe, B. / Center, R.J. / Kemp, B.E. / Poumbourios, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of human T cell leukemia virus type 1 gp21 ectodomain crystallized as a maltose-binding protein chimera reveals structural evolution of retroviral transmembrane proteins. 著者: Kobe, B. / Center, R.J. / Kemp, B.E. / Poumbourios, P. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Crystallization of a Trimeric Human T Cell Leukemia Virus Type 1 Gp21 Ectodomain Fragment as a Chimera with Maltose-Binding Protein 著者: Center, R.J. / Kobe, B. / Wilson, K.A. / Teh, T. / Howlett, G.J. / Kemp, B.E. / Poumbourios, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mg1.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mg1.ent.gz | 76.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/1mg1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49386.023 Da / 分子数: 1 / 断片: GP21 ECTODOMAIN (GP62 RESIDUES 338-425) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス) 属: Deltaretrovirusデルタレトロウイルス属 / 生物種: Primate T-lymphotropic virus 1 / 株: 3-19-3 細胞内の位置: VIRUS ENVELOPEエンベロープ (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3/PLYSS) / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS | ||
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.7 / 詳細: pH 4.7 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→99 Å / Num. obs: 19248 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 65 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 150336 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ANF 解像度: 2.5→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 65.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.44 |