+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m2g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Sir2 homologue-ADP ribose complex | ||||||
要素 | Silent Information Regulator 2 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / PROTEIN-LIGAND COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD+ binding / transferase activity / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, J. / Cho, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002 タイトル: Structural basis for the NAD-dependent deacetylase mechanism of Sir2 著者: Chang, J.H. / Kim, H.C. / Hwang, K.Y. / Lee, J.W. / Jackson, S.P. / Bell, S.D. / Cho, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m2g.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1m2g.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m2g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/1m2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/1m2g | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27651.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: O28597 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-APR / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: Sodium Citrate, PEG 4000, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.47 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 36883 / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 98112 / Rmerge(I) obs: 0.031 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1610034.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.6623 Å2 / ksol: 0.371709 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.47 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 36847 / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.2047 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|