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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lzt | ||||||
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タイトル | REFINEMENT OF TRICLINIC LYSOZYME | ||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Hodsdon, J.M. / Brown, G.M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990 タイトル: Refinement of triclinic lysozyme: I. Fourier and least-squares methods. 著者: Hodsdon, J.M. / Brown, G.M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Structures of Triclinic Mono-and Di-N-Acetylglucosamine. Lysozyme Complexes-A Crystallographic Study 著者: Kurachi, K. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lzt.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lzt.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lzt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lzt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 5. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.65 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.55 / 手法: unknown / 詳細: pH is adjusted to 4.55 with 0.1M scetic acid | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.54 Å / Num. obs: 7838 |
-解析
ソフトウェア | 名称: SHARP / 分類: 位相決定 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.97→10 Å 詳細: RESIDUES 101 THROUGH 103 ARE GENERALLY PROPERLY POSITIONED BUT THE ELECTRON DENSITY IS NOT SHARP HERE. DETAILED ANALYSIS OF THIS REGION SHOULD BE DONE VERY CAUTIOUSLY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.97 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 7142 / Rfactor obs: 0.254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: o_angle_d |