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- PDB-1lt3: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN DOUBLE MUTANT N40C/G166C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lt3
タイトルHEAT-LABILE ENTEROTOXIN DOUBLE MUTANT N40C/G166C
要素(HEAT-LABILE ENTEROTOXINHeat-labile enterotoxin family) x 2
キーワードENTEROTOXIN (エンテロトキシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex ...Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Heat-labile enterotoxin A chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 2 Å
データ登録者Van Den Akker, F. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of heat-labile enterotoxin from Escherichia coli with increased thermostability introduced by an engineered disulfide bond in the A subunit.
著者: van den Akker, F. / Feil, I.K. / Roach, C. / Platas, A.A. / Merritt, E.A. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin
著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Cholera Toxin-Related Heat-Labile Enterotoxin from E. Coli
著者: Sixma, T.K. / Pronk, S.E. / Kalk, K.H. / Wartna, E.S. / Van Zanten, B.A. / Witholt, B. / Hol, W.G.
履歴
登録1997年4月12日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,63611
ポリマ－86,9246
非ポリマー1,7115
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20590 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 101.100, 64.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE AB5 TOXIN HEXAMER. THE A SUBUNIT CONTAINS TWO FRAGMENTS LINKED BY A DISORDERED LOOP. THESE 2 FRAGMENTS ARE CONVENTIONALLY REFERRED TO AS A1 AND A2. FRAGMENTS A1 AND A2 ARE COVALENTLY LINKED IN THE LATENT TOXIN AND ARE PROTEOLYTICALLY CLEAVED UPON ACTIVATION.

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要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / Heat-labile enterotoxin family / LT-I


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 断片: HOLOTOXIN / 変異: N40C, G166C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LACTOSE BOUND / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINEブタ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890
#2: タンパク質 HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / Heat-labile enterotoxin family / LT-I


分子量: 27886.736 Da / 分子数: 1 / 断片: HOLOTOXIN / 変異: N40C, G166C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LACTOSE BOUND / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINEブタ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P06717
#3: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
解説: NO MOLECULAR REPLACEMENT SEARCH NEEDED TO BE PERFORMED SINCE THE SPACE GROUP AND CELL DIMENSIONS WERE IDENTICAL TO THE STARTING 1LTT STRUCTURE.
結晶化手法: 3 layer capillary method / pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 5% PEG 6000, 100 MM NACL, 1 MM EDTA, 75 MM LACTOSE, 100 MM TRIS PH 7.5 USING THE 3 LAYER CAPPILARY METHOD, 3 layer capillary method
結晶化
*PLUS
手法: three-layer capillary method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlLT-I N40C/G166C11
25.6 %PEG600012
3100 mMTris-HCl12
4100 mM122NaCl
50.02 %12NaN3
675 mMlactose12
71.5 mMguanyltyramine12

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 48385 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 72
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1LTT

1ltt


解像度: 2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 1 - 3, 189 - 195 AND 237 - 240 OF THE A SUBUNIT ARE OMITTED FROM THE STRUCTURE BECAUSE OF POOR ELECTRON DENSITY GLY A 188 IS THE LAST RESIDUE BEFORE GAP (RESIDUES A 189 - A 195 ARE ...詳細: RESIDUES 1 - 3, 189 - 195 AND 237 - 240 OF THE A SUBUNIT ARE OMITTED FROM THE STRUCTURE BECAUSE OF POOR ELECTRON DENSITY GLY A 188 IS THE LAST RESIDUE BEFORE GAP (RESIDUES A 189 - A 195 ARE DISORDERED). LEU A 240 IS THE LAST RESIDUE BUT RESIDUES A 237 - A 240 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2424 4.5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 48350 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5978 0 115 0 6093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 183 3.5 %
Rwork0.256 3584 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 45930
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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