+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l9u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / helix-turn-helix / coiled-coil | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Murakami, K.S. / Masuda, S. / Darst, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: Structural basis of transcription initiation: RNA polymerase holoenzyme at 4 A resolution. 著者: Murakami, K.S. / Masuda, S. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l9u.cif.gz | 748.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1l9u.ent.gz | 328.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l9u_validation.pdf.gz | 473.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1l9u_full_validation.pdf.gz | 643 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l9u_validation.xml.gz | 101.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l9u_validation.cif.gz | 164.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/1l9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/1l9u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-RNA POLYMERASE, ... , 4種, 10分子 ABJKCLDMEN
#1: タンパク質 | 分子量: 34830.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU8, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | 分子量: 124800.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | 分子量: 171187.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU6, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | 分子量: 11642.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9EVV4, DNA-directed RNA polymerase |
---|
-タンパク質 , 1種, 2分子 HQ
#5: タンパク質 | 分子量: 38186.723 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 92-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: RPOD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9EZJ8 |
---|
-非ポリマー , 2種, 6分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→50 Å / Num. all: 107237 / Num. obs: 85682 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 70.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 107237 / Rmerge(I) obs: 0.158 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.1 % / Rmerge(I) obs: 0.357 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 最高解像度: 4 Å / 詳細: the coordinates contain only a CA trace. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.345 / Rfactor Rfree: 0.397 / Rfactor Rwork: 0.345 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |