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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l79 | ||||||
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タイトル | DESIGN AND STRUCTURAL ANALYSIS OF ALTERNATIVE HYDROPHOBIC CORE PACKING ARRANGEMENTS IN BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME | ||||||
要素 | T4 LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hurley, J.H. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme. 著者: Hurley, J.H. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE ARE SEVERAL SUBTLE ASPECTS OF THE SECONDARY STRUCTURE OF THIS MOLECULE WHICH CANNOT ...SHEET THERE ARE SEVERAL SUBTLE ASPECTS OF THE SECONDARY STRUCTURE OF THIS MOLECULE WHICH CANNOT CONVENIENTLY BE REPRESENTED IN THE HELIX AND SHEET RECORDS BELOW. THESE ASPECTS INFLUENCE THE REPRESENTATION OF HELIX 6 AND STRAND 3 OF SHEET *S1*. THE PAPER J.MOL.BIOL., V. 118, P. 81, 1978 BE CONSULTED FOR THESE SUBTLETIES. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l79.cif.gz | 48.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l79.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l79_validation.pdf.gz | 426.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l79_full_validation.pdf.gz | 430.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l79_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l79_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l79 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18676.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: M13 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Matthews, B.W., (1973) J. Mol. Biol., 78, 575. |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 11928 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å 詳細: RESIDUES 162 - 164 IN WILD-TYPE AND ALL MUTANT LYSOZYMES ARE EXTREMELY MOBILE. THUS THE COORDINATES FOR THESE RESIDUES ARE VERY UNRELIABLE. THIS ENTRY DOES NOT INCLUDE RESIDUES 163 AND 164.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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