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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kmn | |||||||||
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タイトル | HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH HISTIDINOL AND ATP | |||||||||
要素 | HISTIDYL-TRNA SYNTHETASEヒスチジンtRNAリガーゼ | |||||||||
キーワード | AMINOACYL-TRNA SYNTHASE / LIGASE (リガーゼ) / SYNTHETASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒスチジンtRNAリガーゼ / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Arnez, J.G. / Francklyn, C.S. / Moras, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: The first step of aminoacylation at the atomic level in histidyl-tRNA synthetase. 著者: Arnez, J.G. / Augustine, J.G. / Moras, D. / Francklyn, C.S. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of Histidyl-tRNA Synthetase from Escherichia Coli Complexed with Histidyl-Adenylate 著者: Arnez, J.G. / Harris, D.C. / Mitschler, A. / Rees, B. / Francklyn, C.S. / Moras, D. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystallization of Histidyl-tRNA Synthetase from Escherichia Coli 著者: Francklyn, C. / Harris, D. / Moras, D. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985 タイトル: Primary Structure of Histidine-tRNA Synthetase and Characterization of Hiss Transcripts 著者: Freedman, R. / Gibson, B. / Donovan, D. / Biemann, K. / Eisenbeis, S. / Parker, J. / Schimmel, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kmn.cif.gz | 355.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kmn.ent.gz | 287 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kmn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/1kmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/1kmn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47085.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 解説: INDUCTION WITH IPTG / プラスミド: PHRS-7 / 遺伝子 (発現宿主): HISS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): TRP-LAC / 参照: UniProt: P60906, ヒスチジンtRNAリガーゼ #2: 化合物 | ChemComp-HSO / #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: SLIGHT CONTRACTION DUE TO CRYO (-143 DEG C), pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.94 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月3日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→16 Å / Num. obs: 63562 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 82.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 116502 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→13 Å / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.406 |