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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1keh | ||||||
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タイトル | Precursor structure of cephalosporin acylase | ||||||
要素 | precursor of cephalosporin acylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cephalosporin acylase / precursor / glutaryl-7-ACA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brevundimonas diminuta (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Kim, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Precursor structure of cephalosporin acylase. Insights into autoproteolytic activation in a new N-terminal hydrolase family 著者: Kim, Y. / Kim, S. / Earnest, T.N. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1keh.cif.gz | 147.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1keh.ent.gz | 120.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1keh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1keh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1keh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76609.883 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-689 / 変異: S170A,R428A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L5D6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, MgAcetate, Sodium Cacodylate, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月7日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 39792 / Num. obs: 38001 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 70.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 838095 / Rmerge(I) obs: 0.108 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 70.4 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 3.5 % / Rfactor obs: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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