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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kd1 | ||||||
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タイトル | Co-crystal Structure of Spiramycin bound to the 50S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / 50s subunit / spiramycin / antibiotic (抗生物質) / macrolide (マクロライド) / carbinolamine (ヘミアミナール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Hansen, J.L. / Ippolito, J.A. / Ban, N. / Nissen, P. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002 タイトル: The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit. 著者: Hansen, J.L. / Ippolito, J.A. / Ban, N. / Nissen, P. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kd1.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kd1.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kd1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
+RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234
-非ポリマー , 7種, 8111分子
#31: 化合物 | ChemComp-SPR / | ||||||||||
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#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | ChemComp-NA / #34: 化合物 | ChemComp-CL / #35: 化合物 | #36: 化合物 | ChemComp-CD / #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8 詳細: PEG 6K, KCl, NH4Cl, NaOAc, MgCl2, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月28日 / 詳細: Si-111, Si-220 |
放射 | モノクロメーター: Si-111, Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 363802 / Num. obs: 363802 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 36147 / Rsym value: 0.853 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 7.4 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JJ2.pdb 解像度: 3→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 350536.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: RNA FROM CNS BRUNGER, BERMAN MODIFIED BY SJOERD PROTEIN FROM CNS PROTEIN_REP.PARAM CARBOMYCIN A CONSTRUCTED FROM CSD FILES DMCLM10, NAVTAF, PVVBDM01, USING XPLO2D
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.3742 Å2 / ksol: 0.291918 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.1 Å |