+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k3d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Phosphoenolpyruvate carboxykinase in complex with ADP and AlF3 | ||||||
要素 | Phosphoenolpyruvate carboxykinase | ||||||
キーワード | LYASE / Kinase / gluconeogenesis / nucleotide-triphosphate hydrolase. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity / gluconeogenesis / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sudom, A.M. / Prasad, L. / Goldie, H. / Delbaere, L.T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The phosphoryl-transfer mechanism of Escherichia coli phosphoenolpyruvate carboxykinase from the use of AlF(3). 著者: Sudom, A.M. / Prasad, L. / Goldie, H. / Delbaere, L.T. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM PDB ENTRY 1AQ2. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM PDB ENTRY 1AQ2. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k3d.cif.gz | 123.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1k3d.ent.gz | 92.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k3d_validation.pdf.gz | 785.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1k3d_full_validation.pdf.gz | 794.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k3d_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k3d_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/1k3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/1k3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59709.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PCKA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 参照: UniProt: P22259, phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 化合物 | ChemComp-AF3 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: ADP, Aluminum Nitrate, Magnesium Chloride, Sodium Fluoride, EDTA, ammonium acetate, sodium acetate buffer, dithiothreitol, PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 35758 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 3.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 87.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.07 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 1AQ2 解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.196 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 23.4 |