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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Scapharca inaequivalvis HbI, I114F mutant (deoxy) | ||||||
要素 | GLOBIN I - ARK SHELL | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / invertebrate (無脊椎動物) / hemoglobin (ヘモグロビン) / allostery (アロステリック効果) / cooperativity / oxygen-binding / oxygen-transport / heme protein / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Knapp, J.E. / Gibson, Q.H. / Cushing, L. / Royer Jr., W.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Restricting the Ligand-Linked Heme Movement in Scapharca Dimeric Hemoglobin Reveals Tight Coupling between Distal and Proximal Contributions to Cooperativity. 著者: Knapp, J.E. / Gibson, Q.H. / Cushing, L. / Royer Jr., W.E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Mutation of Residue Phe97 to Leu Disrupts the Central Allosteric Pathway in Scapharca Dimeric Hemoglobin. 著者: Pardanani, A. / Gibson, Q.H. / Colotti, G. / Royer Jr., W.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: High Resolution Crystallographic Analysis of a Co-operative Dimeric Hemoglobin. 著者: Royer Jr., W.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jzk.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jzk.ent.gz | 96.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is either the AB dimer or the CD dimer found in the assemetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16000.335 Da / 分子数: 4 / 変異: I114F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) プラスミド: PCS-26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQL8 / 参照: UniProt: P02213 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 2.1-2.3M Phosphate buffer, pH 7.5, Microbatch, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 29156 / Num. obs: 28828 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.173 / % possible all: 81.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4SDH 解像度: 2.2→37.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1409034.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.7878 Å2 / ksol: 0.333933 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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