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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jxj | |||||||||
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タイトル | Role of mobile loop in the mechanism of human salivary amylase | |||||||||
要素 | Alpha-amylase, salivary | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / amylase (アミラーゼ) / mutagenesis / catalysis / human (ヒト) / salivary (唾液腺) / enzyme (酵素) / mobile loop | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Digestion of dietary carbohydrate / oligosaccharide metabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramasubbu, N. / Ragunath, C. / Wang, Z. / Mishra, P.J. / Thomas, L.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004 タイトル: Human salivary alpha-amylase Trp58 situated at subsite -2 is critical for enzyme activity. 著者: Ramasubbu, N. / Ragunath, C. / Mishra, P.J. / Thomas, L.M. / Kandra, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jxj.cif.gz | 117.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jxj.ent.gz | 89.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jxj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jxj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55882.203 Da / 分子数: 1 / 変異: W58L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: salivary glands 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P04745, UniProt: P0DTE8*PLUS, alpha-amylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: MPD, calcium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→65.94 Å / Num. all: 36288 / Num. obs: 34452 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.062 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS 冗長度: 3.8 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.281 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1SMD 解像度: 1.99→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / SU B: 3.4 / SU ML: 0 / SU Rfree: 0.1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.987 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→65.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.216 |