[日本語] English
万見
- PDB-1jni: Structure of the NapB subunit of the periplasmic nitrate reductas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jni
タイトルStructure of the NapB subunit of the periplasmic nitrate reductase from Haemophilus influenzae.
要素DIHEME CYTOCHROME C NAPB
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dihaem cytochrome c / proteolytic fragment / nitrate reductase subunit (硝酸レダクターゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


嫌気呼吸 / ペリプラズム / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrate reductase cytochrome c-type subunit NapB / Nitrate reductase cytochrome c-type subunit (NapB) / : / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Periplasmic nitrate reductase, electron transfer subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Brige, A. / Leys, D. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The 1.25 A resolution structure of the diheme NapB subunit of soluble nitrate reductase reveals a novel cytochrome c fold with a stacked heme arrangement.
著者: Brige, A. / Leys, D. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J.
履歴
登録2001年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DIHEME CYTOCHROME C NAPB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6813
ポリマ－13,4441
非ポリマー1,2372
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.752, 78.752, 29.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-136-

HOH

21A-145-

HOH

31A-160-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DIHEME CYTOCHROME C NAPB / periplasmic nitrate reductase / napB


分子量: 13444.035 Da / 分子数: 1 / 断片: SMALL SUBUNIT OF THE PERIPLASMIC NITRATE REDUCTASE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44654
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 296K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6.5 / 詳細: Brige, A., (2001) Acta Crystallogr, D57, 418.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
30.2 Mmagnesium acetate tetrahydrate1reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
50.8 Mpotassium sodium tartrate tetrahydrate1reservoir
60.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→10 Å / Num. obs: 22337 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.24→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 65.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 214619 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 1.26 Å / % possible obs: 65.47 % / Rmerge(I) obs: 0.316

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.25→10 Å / Isotropic thermal model: anisotropic model / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 1092 5 %RANDOM
Rwork0.1702 ---
all0.1596 20831 --
obs0.1596 20831 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.855 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数473 0 86 128 687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0264
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.077
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.16 / Rfactor obs: 0.1596 / Rfactor Rfree: 0.2165 / Rfactor Rwork: 0.1596
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.077

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る