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- PDB-1izo: Cytochrome P450 BS beta Complexed with Fatty Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1izo
タイトルCytochrome P450 BS beta Complexed with Fatty Acid
要素Cytochrome P450 152A1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HEME PROTEIN / PROTEIN-FATTY ACID COMPLEX / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid peroxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / シトクロムP450 / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / パルミトレイン酸 / Fatty-acid peroxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lee, D.S. / Yamada, A. / Sugimoto, H. / Matsunaga, I. / Ogura, H. / Ichihara, K. / Adachi, S. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Substrate Recognition and Molecular Mechanism of Fatty Acid Hydroxylation by Cytochrome P450 from Bacillus subtilis. CRYSTALLOGRAPHIC, SPECTROSCOPIC, AND MUTATIONAL STUDIES.
著者: Lee, D.S. / Yamada, A. / Sugimoto, H. / Matsunaga, I. / Ogura, H. / Ichihara, K. / Adachi, S. / Park, S.Y. / Shiro, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of fatty-acid hydroxylase cytochrome P450BSbeta from Bacillus subtilis.
著者: Lee, D.S. / Yamada, A. / Matsunaga, I. / Ichihara, K. / Adachi, S. / Park, S.Y. / Shiro, Y.
履歴
登録2002年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 152A1
B: Cytochrome P450 152A1
C: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1569
ポリマ－144,5433
非ポリマー2,6136
水5,314295
1
A: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0523
ポリマ－48,1811
非ポリマー8712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0523
ポリマ－48,1811
非ポリマー8712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0523
ポリマ－48,1811
非ポリマー8712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.789, 155.789, 111.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細This Enzyme Exists As A Monomer.

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 152A1 / P450BsBeta


分子量: 48181.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: O31440, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸 / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 10%(w/v) PEG 3350, 50 mM MES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 %(w/v)PEG33501reservoir
350 mMMES1reservoirpH6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 90731 / Num. obs: 87103 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.326 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 7032 / % possible all: 81.5
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / 冗長度: 7.4 % / Num. measured all: 618052 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 4410 5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all-91204 --
obs-87409 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1666 Å2 / ksol: 0.362316 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å22.87 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10017 0 183 295 10495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 676 5.1 %
Rwork0.326 12702 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEM.PARAMHEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PAM.PARAMPAM.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.18 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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