+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hew | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | REFINEMENT OF AN ENZYME COMPLEX WITH INHIBITOR BOUND AT PARTIAL OCCUPANCY. HEN EGG-WHITE LYSOZYME AND TRI-N-ACETYLCHITOTRIOSE AT 1.75 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
要素 | HEN EGG WHITE LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Cheetham, J.C. / Artymiuk, P.J. / Phillips, D.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Refinement of an enzyme complex with inhibitor bound at partial occupancy. Hen egg-white lysozyme and tri-N-acetylchitotriose at 1.75 A resolution. 著者: Cheetham, J.C. / Artymiuk, P.J. / Phillips, D.C. #1: ジャーナル: Curr.Top.Microbiol.Immunol. / 年: 1988 タイトル: Protein-Oligosaccharide Interactions: Lysozyme, Phosphorylase, Amylases 著者: Johnson, L.N. / Cheetham, J.C. / Mclaughlin, P.J. / Acharya, K.R. / Barford, D. / Phillips, D.C. #2: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967 タイトル: Crystallographic Studies of the Activity of Hen Egg-White Lysozyme 著者: Blake, C.C.F. / Johnson, L.N. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R. #3: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1967 タイトル: On the Conformation of the Hen Egg-White Lysozyme Molecule 著者: Blake, C.C.F. / Mair, G.A. / North, A.C.T. / Phillips, D.C. / Sarma, V.R. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hew.cif.gz | 37.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1hew.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hew.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/1hew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/1hew | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE卵白 / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
---|---|
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 4.7 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / Num. obs: 12579 / Num. measured all: 18180 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 最高解像度: 1.75 Å /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.75 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / Num. reflection all: 12579 / Rfactor obs: 0.229 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.032 |