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- PDB-1grl: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACTERIAL CHAPERONIN GROEL AT 2.8 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1grl
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACTERIAL CHAPERONIN GROEL AT 2.8 ANGSTROMS
要素GROEL (HSP60 CLASS)
キーワードCHAPERONIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperonin GroEL / Chaperonin GroEL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Braig, K. / Otwinowski, Z. / Hegde, R. / Boisvert, D.C. / Joachimiak, A. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: The crystal structure of the bacterial chaperonin GroEL at 2.8 A.
著者: K Braig / Z Otwinowski / R Hegde / D C Boisvert / A Joachimiak / A L Horwich / P B Sigler /
要旨: The crystal structure of Escherichia coli GroEL shows a porous cylinder of 14 subunits made of two nearly 7-fold rotationally symmetrical rings stacked back-to-back with dyad symmetry. The subunits ...The crystal structure of Escherichia coli GroEL shows a porous cylinder of 14 subunits made of two nearly 7-fold rotationally symmetrical rings stacked back-to-back with dyad symmetry. The subunits consist of three domains: a large equatorial domain that forms the foundation of the assembly at its waist and holds the rings together; a large loosely structured apical domain that forms the ends of the cylinder; and a small slender intermediate domain that connects the two, creating side windows. The three-dimensional structure places most of the mutationally defined functional sites on the channel walls and its outward invaginations, and at the ends of the cylinder.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Residues in Chaperonin Groel Required for Polypeptide Binding and Release
著者: Fenton, W.A. / Kashi, Y. / Furtak, K. / Horwich, A.L.
履歴
登録1995年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROEL (HSP60 CLASS)
B: GROEL (HSP60 CLASS)
C: GROEL (HSP60 CLASS)
D: GROEL (HSP60 CLASS)
E: GROEL (HSP60 CLASS)
F: GROEL (HSP60 CLASS)
G: GROEL (HSP60 CLASS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,9437
ポリマ－400,9437
非ポリマー00
水0
1
A: GROEL (HSP60 CLASS)
B: GROEL (HSP60 CLASS)
C: GROEL (HSP60 CLASS)
D: GROEL (HSP60 CLASS)
E: GROEL (HSP60 CLASS)
F: GROEL (HSP60 CLASS)
G: GROEL (HSP60 CLASS)

A: GROEL (HSP60 CLASS)
B: GROEL (HSP60 CLASS)
C: GROEL (HSP60 CLASS)
D: GROEL (HSP60 CLASS)
E: GROEL (HSP60 CLASS)
F: GROEL (HSP60 CLASS)
G: GROEL (HSP60 CLASS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)801,88514
ポリマ－801,88514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15740 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area150740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.000, 203.000, 278.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.626336, -0.779372, -0.017194), (0.779169, 0.626571, -0.017844), (0.024686, -0.002224, 0.999696)-16.2664, 34.1924, 1.30937
2given(-0.215469, -0.975993, -0.031778), (0.975851, -0.214014, -0.043724), (0.03587, -0.040431, 0.998538)-53.13586, 42.8365, 1.38949
3given(-0.90369, -0.427765, -0.019015), (0.428158, -0.902213, -0.051883), (0.005038, -0.055027, 0.998472)-83.2469, 18.588, 0.2694
4given(-0.900251, 0.435285, 0.008735), (-0.435197, -0.899135, -0.046462), (-0.012371, -0.045629, 0.998882)-83.09367, -18.94732, -0.42477
5given(-0.227259, 0.973422, 0.028333), (-0.973604, -0.226476, -0.028347), (-0.021177, -0.034028, 0.999196)-53.71845, -42.6244, -1.0386
6given(0.620408, 0.783927, 0.023486), (-0.7839, 0.620761, -0.012492), (-0.024372, -0.01066, 0.999646)-16.40549, -34.33678, -0.95095
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 6 .. 523 ? 6 .. ? 523 M2 6 .. 523 ? 6 .. ? 523 M3 6 .. 523 ? 6 .. ? 523 M4 6 .. 523 ? 6 .. ? 523 M5 6 .. 523 ? 6 .. ? 523 M6 6 .. 523 ? 6 .. ? 523 THESE TRANSFORMATIONS WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR ONE GROEL 7MER WHEN APPLIED TO THE MONOMER COORDINATES IN THIS ENTRY. THIS STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS USED IN THE REFINEMENT.

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要素

#1: タンパク質
GROEL (HSP60 CLASS)


分子量: 57277.531 Da / 分子数: 7 / 変異: R13G, A126V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / プラスミド: IQ-TRC / 遺伝子 (発現宿主): GROEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06139, UniProt: P0A6F5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mg/mlGroEL1drop
20.2 %(w/v)PEG80001drop
30.86 Mammonium sulfate1drop
42 mM1dropCaCl2
550 mMTris-acetate1drop
60.4 %(w/v)PEG80001reservoir
71.72 Mammonium sulfate1reservoir
84 mM1reservoirCaCl2
9100 mMTris-acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 117943 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.368 -
Rwork0.326 -
obs0.326 110449
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23996 0 0 0 23996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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