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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gin | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEXED WITH GDP, IMP, HADACIDIN, NO3-, AND MG2+. DATA COLLECTED AT 298K (PH 6.5). | ||||||
要素 | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE | ||||||
キーワード | LIGASE / PURINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / GTP-HYDROLYZING ENZYMES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Poland, B.W. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli complexed with GDP, IMP hadacidin, NO3-, and Mg2+. 著者: Poland, B.W. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Refined Crystal Structures of Unligated Adenylosuccinate Synthetase from E.Coli 著者: Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.R. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from E.Coli 著者: Poland, B.W. / Silva, M.M. / Serra, M.A. / Cho, Y. / Kim, K.H. / Harris, E.M. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gin.cif.gz | 123.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gin.ent.gz | 95.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gin.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gin_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gin_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gin_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gin_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gin | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47269.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: GIFT FROM DR. B. BACHMAN (GENETIC CENTER, YALE UNIVERSITY) 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PUR A STRAIN H1238 / 参照: UniProt: P0A7D4, adenylosuccinate synthase |
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-非ポリマー , 6種, 167分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / |
#4: 化合物 | ChemComp-HDA / |
#5: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#6: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月28日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 17336 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 128898 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.92 Å / % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→5 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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