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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gdk | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FERRIC COMPLEXES OF THE YELLOW LUPIN LEGHEMOGLOBIN WITH ISOQUINOLINE AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION (RUSSIAN) | ||||||
要素 | LEGHEMOGLOBIN (ISOQUINOLINE MET) | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to nitrate / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Harutyunyan, E. / Safonova, T. / Kuranova, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Ferric Complexes of the Yellow Lupin Leghemoglobin with Isoquinoline at 1.8 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Safonova, T.N. / Teplyakov, A.V. / Obmolova, G.V. / Popov, A.N. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.G. #1: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1988 タイトル: X-Ray Structure of Ferrous Complexes of the Yellow Lupin Leghemoglobin with Co and No at 1.8 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Obmolova, G.V. / Safonova, T.N. / Teplyakov, A.V. / Popov, A.N. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. #2: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1980 タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Vi. Structure of Acetate-Ferrileghemoglobin at a Resolution of 2.0 Angstroms (Russian) 著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Steigemann, W. #3: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1980 タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Vi. Structure of Acetate-Ferrileghemoglobin at a Resolution of 2.0 Angstroms 著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Steigemann, W. #4: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1978 タイトル: X-Ray Diffraction Study of Leghemoglobin. Iv. Determination of the Structure with 2.8 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Nekrasov, Yu.V. #5: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1978 タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Iv. Structure Determination at a Resolution of 2.8 Angstroms 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Nekrasov, Yu.V. #6: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1977 タイトル: Spatial Structure of Lupine Leghemoglobin with the 2.8 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Vainshtein, B.K. / Arutiunian, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. / Nekrasov, Iu.V. #7: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1977 タイトル: Three-Dimensional Structure of Lupine Leghemoglobin with a Resolution of 2.8 Angstroms 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. / Nekrasov, Yu.V. #8: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1977 タイトル: X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. III. Crystallographic Data on the Structure of the First Component (Russian) 著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Grebenko, A.I. / Voronova, A.A. #9: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1977 タイトル: X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. III. Crystallographic Data Regarding the Structure of the First Component 著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Grebenko, A.I. / Voronova, A.A. #10: ジャーナル: Int.J.Pept.Protein Res. / 年: 1976 タイトル: The Haem-Accessibility in Leghaemoglobin of Lupinus Luteus as Observed by Proton Magnetic Relaxation 著者: Vuk-Pavlovic, S. / Benko, B. / Maricic, S. / Lahajnar, G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. #11: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975 タイトル: X-Ray Study of Leghemoglobin. II. Determination of the Structure with Resolution of 5 Angstroms 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #12: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975 タイトル: X-Ray Study of Leghemoglobin. I.Purification, Crystallization, and Preparation of Derivatives Containing Heavy Atoms 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #13: ジャーナル: Nature / 年: 1975 タイトル: Structure of Leghaemoglobin from Lupin Root Nodules at 5 Angstroms Resolution 著者: Vainshtein, B.K. / Harutyunyan, E.H. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovsky, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #14: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1974 タイトル: The X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. II. Determination of the Structure at 5 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #15: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1974 タイトル: The X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. I. Purification, Crystallization, and Production of Derivatives Containing Heavy Atoms (Russian) 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #16: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1974 タイトル: X-Ray Determination of Three-Dimensional Structure of Leghemoglobin from Lupinus Luteus L. At 5 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Vainshtein, B.K. / Arutiunian, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #17: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1974 タイトル: X-Ray Diffraction Determination of the Three-Dimensional Structure of Leghemoglobin of Lupinus Luteus L. With 5 Angstroms Resolution 著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. #18: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1971 タイトル: Cell Parameters of Crystalline Plant (Lupinus Luteus (Lupine)) Hemoglobin (Russian) 著者: Arutyunyan, E.G. / Zaitsev, V.N. / Zhiznevskaya, G.Ya. / Borodenko, L.I. #19: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1971 タイトル: Unit-Cell Parameters of Crystalline Plant Hemoglobin 著者: Arutyunyan, E.G. / Zaitsev, V.N. / Zhiznevskaya, G.Ya. / Borodenko, L.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gdk.cif.gz | 48.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gdk.ent.gz | 34.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gdk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/1gdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/1gdk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16674.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) 参照: UniProt: P02240 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-ISQ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 詳細: THE FIRST AND LAST RESIDUES OF THE PROTEIN CHAIN ARE POORLY REVEALED IN THE ELECTRON DENSITY SYNTHESIS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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