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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fwb | ||||||
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タイトル | KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 6.5 | ||||||
要素 | (UREASEウレアーゼ) x 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE(UREA AMIDO) / MUTANT (ミュータント (人類)) / NICKEL METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / ウレアーゼ / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Pearson, M.A. / Karplus, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structures of Cys319 variants and acetohydroxamate-inhibited Klebsiella aerogenes urease. 著者: Pearson, M.A. / Michel, L.O. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Structures of the Klebsiella Aerogenes Urease Apoenzyme and Two Active-Site Mutants 著者: Jabri, E. / Karplus, P.A. #2: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes 著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Site-Directed Mutagenesis of the Active Site Cysteine in Klebsiella Aerogenes Urease 著者: Martin, P.R. / Hausinger, R.P. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: Identification of the Essential Cysteine Residue in Klebsiella Aerogenes Urease 著者: Todd, M.J. / Hausinger, R.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fwb.cif.gz | 158.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fwb.ent.gz | 128.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/1fwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/1fwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 6.5 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス) プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18316, ウレアーゼ | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 6.5 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス) プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18315, ウレアーゼ | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 60377.289 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 6.5 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (クレブシエラ・アエロゲネス) プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18314, ウレアーゼ | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THIS MODEL IS THAT OF THE C319A MUTANT (PH=6.5) AT 2.0 ANGSTROMS. THE ACTIVE SITE IS NEARLY ...THIS MODEL IS THAT OF THE C319A MUTANT (PH=6.5) AT 2.0 ANGSTROMS. THE ACTIVE SITE IS NEARLY IDENTICAL TO THAT OF THE HOLOENZYME | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE MARK II / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 52554 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 70 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE ACTIVE SITE NICKEL IONS AND NICKEL-BOUND WATERS 500, 501, 502. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH ...詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE ACTIVE SITE NICKEL IONS AND NICKEL-BOUND WATERS 500, 501, 502. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 20 ANGSTROMS**2. THE REFINED OCCUPANCIES FOR THESE WATERS SUGGEST NEARLY FULL OCCUPANCY FOR EACH OF THEM, ALTHOUGH THEY ARE POSITIONED TOO CLOSE (~ 2.0 ANGSTROMS APART) FOR SIMULTANEOUS OCCUPANCY. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 20 ANGSTROMS**2. THE REFINED OCCUPANCIES FOR THESE WATERS SUGGEST NEARLY FULL OCCUPANCY FOR EACH OF THEM, ALTHOUGH THEY ARE POSITIONED TOO CLOSE (~ 2.0 ANGSTROMS APART) FOR SIMULTANEOUS OCCUPANCY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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