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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ex5 | ||||||
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タイトル | FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM RABBIT MUSCLE | ||||||
要素 | FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / ALDOLASE / LYASE(ALDEHYDE) / SCHIFF BASE (シッフ塩基) / GLYCOLYSIS (解糖系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Maurady, A. / Sygusch, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: A conserved glutamate residue exhibits multifunctional catalytic roles in D-fructose-1,6-bisphosphate aldolases. 著者: MAURADY, A. / ZDANOV, A. / De Moissac, D. / Beaudry, D. / SYGUSCH, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ex5.cif.gz | 406.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ex5.ent.gz | 327.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ex5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1ex5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1ex5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39205.637 Da / 分子数: 4 / 変異: E187A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / プラスミド: PPB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHAMCR / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: small tubes / pH: 7.4 詳細: 40% ammonium sulphate, 5mM EDTA, pH 7.4, SMALL TUBES, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→10 Å / Num. all: 88801 / Num. obs: 56675 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.88 % |
反射 シェル | 解像度: 2.15→9 Å / 冗長度: 2.06 % / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS % possible obs: 81 % / Num. measured all: 88801 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→9 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: XPLOR parhcsdx
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 9 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.178 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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