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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1evy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF LEISHMANIA MEXICANA GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE | ||||||
要素 | GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASEグリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Dehydrogenase (脱水素酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / グリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NAD+) / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex / glycosome / NAD binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Suresh, S. / Turley, S. / Opperdoes, F.R. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: A potential target enzyme for trypanocidal drugs revealed by the crystal structure of NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase from Leishmania mexicana. 著者: Suresh, S. / Turley, S. / Opperdoes, F.R. / Michels, P.A. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1evy.cif.gz | 84.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1evy.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1evy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1evy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1evy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39317.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P90551, グリセロール-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NAD+) |
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#2: 化合物 | ChemComp-MYS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: Triethanol amine pH 7.25, Sodium Citrate 0.9 M, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 46462 / Num. obs: 45712 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 31.65 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Num. unique all: 1691 / % possible all: 63.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 229249 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.8 Å / % possible obs: 63.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.81 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.8 Å / Rfactor Rfree: 0.38 / Rfactor obs: 0.36 |