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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1es9
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF R22K MUTANT OF THE MAMMALIAN BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASES (PAF-AH)
要素PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB GAMMA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-activating factor acetyltransferase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid catabolic process / 精子形成 / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者McMullen, T.W.P. / Li, J. / Sheffield, P.J. / Aoki, J. / Martin, T.W. / Arai, H. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: The functional implications of the dimerization of the catalytic subunits of the mammalian brain platelet-activating factor acetylhydrolase (Ib).
著者: McMullen, T.W. / Li, J. / Sheffield, P.J. / Aoki, J. / Martin, T.W. / Arai, H. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Brain Acetylhydrolase that Inactivates Platelet-activating Factor is a G-protein-like trimer
著者: Ho, Y.S. / Swenson, L. / Derewenda, U. / Serre, L. / Wei, Y. / Dauter, Z. / Hattori, M. / Adachi, T. / Aoki, J. / Arai, H. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2000年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年11月3日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB GAMMA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8751
ポリマ－25,8751
非ポリマー00
水5,350297
1
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB GAMMA SUBUNIT

A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB GAMMA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7512
ポリマ－51,7512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)81.049, 81.049, 72.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB GAMMA SUBUNIT / PAF-AH


分子量: 25875.350 Da / 分子数: 1 / 変異: R22K / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN脳
参照: UniProt: Q29460, 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.6M Ammonium sulphate, 100mM sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ho, Y.S., (1999) Protein Eng., 12, 693.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-9 mg/mlprotein1drop
212-18 %ammonium sulfate1reservoir
3Tris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9724
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. all: 85358 / Num. obs: 72050 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique all: 7738 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
Num. obs: 85358 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 461423
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.4 % / Rmerge(I) obs: 0.366

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.3→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2684 -random
Rwork0.192 ---
all0.192 67828 --
obs0.192 67828 14.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 0 340 2027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.023
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_planar_d / Dev ideal: 0.024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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