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- PDB-1cs0: Crystal structure of carbamoyl phosphate synthetase complexed at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cs0
タイトルCrystal structure of carbamoyl phosphate synthetase complexed at CYS269 in the small subunit with the tetrahedral mimic l-glutamate gamma-semialdehyde
要素(CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: ...) x 2
キーワードLIGASE / TETRAHEDRAL ANALOG / AMIDOTRANSFERASE / SUBSTRATE CHANNELING
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / : / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding ...carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / : / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit ...Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / MGS-like domain profile. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain / Glutamine amidotransferase class-I / Rossmann fold - #20 / Glucose Oxidase; domain 1 / Glutamine amidotransferase / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / ATP-grasp fold, B domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / TETRAETHYLAMMONIUM ION / L-ornithine / PHOSPHATE ION / Carbamoyl-phosphate synthase small chain / Carbamoyl phosphate synthase large chain / Carbamoyl phosphate synthase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The small subunit of carbamoyl phosphate synthetase: snapshots along the reaction pathway.
著者: Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
履歴
登録1999年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
B: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
C: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
D: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
E: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
F: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
G: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
H: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)646,291103
ポリマ－638,3718
非ポリマー7,92095
水75,2314176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
D: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,53025
ポリマ－159,5932
非ポリマー1,93823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area46730 Å2
手法PISA, PQS
3
G: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
H: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,53025
ポリマ－159,5932
非ポリマー1,93823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area46850 Å2
手法PISA, PQS
4
A: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
B: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,56626
ポリマ－159,5932
非ポリマー1,97324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area46730 Å2
手法PISA, PQS
5
E: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT
F: CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,66427
ポリマ－159,5932
非ポリマー2,07225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area46480 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.700, 163.800, 332.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: LARGE SUBUNIT


分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PDP412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質
CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT


分子量: 41610.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PDP412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)

-
非ポリマー , 8種, 4271分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#9: 化合物
ChemComp-NET / TETRAETHYLAMMONIUM ION / テトラエチルアンモニウム


分子量: 130.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 8000, TETRAETHYLAMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE(II) CHLORIDE, ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE, L-ORNITHINE, L-GLUTAMATE GAMMA-SEMIALDEHYDE, pH 7.4, BATCH, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 %PEG800011
20.65 Mtetraethylammonium chloride11
30.5 mM11MnCl2
4100 mM11KCl
51.5 mMADP11
61.5 mM11BeF3
70.5 mML-ornithine11
825 mMHEPPS11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.7005
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 550694 / Num. obs: 550694 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 2729875
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 56524 -RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.186 550694 --
obs0.186 550964 98.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44256 0 387 4176 48819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.14
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.011

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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