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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cni | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF ENGINEERED HYDROGEN BOND NETWORKS IN A PROTEIN-ZINC BINDING SITE | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (OXO-ACID) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lesburg, C.A. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995 タイトル: X-Ray Crystallographic Studies of Engineered Hydrogen Bond Networks in a Protein-Zinc Binding Site 著者: Lesburg, C.A. / Christianson, D.W. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Hydrogen Bond Network in the Metal Binding Site of Carbonic Anhydrase Enhances Zinc Affinity and Catalytic Efficiency 著者: Kiefer, L.L. / Paterno, S.A. / Fierke, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cni.cif.gz | 68.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cni.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/1cni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/1cni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 30 / 2: CIS PROLINE - PRO 202 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29100.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: PCAM/Q92A / 遺伝子 (発現宿主): CA2 / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年3月25日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19242 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. measured all: 42585 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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