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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cf5 | |||||||||
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タイトル | BETA-MOMORCHARIN STRUCTURE AT 2.55 A | |||||||||
要素 | PROTEIN (BETA-MOMORCHARIN) | |||||||||
キーワード | RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / RNA N-GLYCOSIDASE ACTIVITY / GLYCOPROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of defense response to virus / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Momordica charantia (ゴーヤ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Yuan, Y.-R. / He, Y.-N. / Xiong, J.-P. / Xia, Z.-X. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Three-dimensional structure of beta-momorcharin at 2.55 A resolution. 著者: Yuan, Y.R. / He, Y.N. / Xiong, J.P. / Xia, Z.X. #1: ジャーナル: Chin.Chem.Lett. / 年: 1995 タイトル: The Determination and Refinement of Three-Dimensional Structure of Beta- Momorcharin at 2.4 A Resolution 著者: Yuan, Y.-R. / Xiong, J.-P. / Xia, Z.-X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cf5.cif.gz | 114.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cf5.ent.gz | 88.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cf5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cf5_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cf5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1cf5_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cf5_validation.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28122.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P29339, UniProt: P24817*PLUS #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.1 / 詳細: pH 6.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.41→40 Å / Num. obs: 17215 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.56 Å / % possible all: 30 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 30 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / 交差検証法: IN THE LATE STAGE / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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