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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ce8 | ||||||
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タイトル | CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIS COLI WITH COMPLEXED WITH THE ALLOSTERIC LIGAND IMP | ||||||
要素 | (PROTEIN (CARBAMOYL-PHOSPHATE ...) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE IMP / IMP / ALLOSTERIC LIGAND | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process ...carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / amino acid biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The binding of inosine monophosphate to Escherichia coli carbamoyl phosphate synthetase. 著者: Thoden, J.B. / Raushel, F.M. / Wesenberg, G. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ce8.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ce8.ent.gz | 981.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ce8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1ce8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1ce8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1a9xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-PROTEIN (CARBAMOYL-PHOSPHATE ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 117982.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LONG CHAIN / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) #2: タンパク質 | 分子量: 41480.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SHORT CHAIN / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6F1, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) |
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-非ポリマー , 9種, 4117分子
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / #7: 化合物 | ChemComp-ADP / #8: 化合物 | ChemComp-ORN / #9: 化合物 | ChemComp-IMP / #10: 化合物 | ChemComp-NET / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 445013 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 81 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % / Num. unique obs: 38417 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A9X 解像度: 2.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO 詳細: MISSING RESIDUES THR: LAST TWO RESIDUES, 381ALA AND 382LYS ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP THR: LAST TWO RESIDUES, 381ALA AND 382LYS ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP THR: LAST ...詳細: MISSING RESIDUES THR: LAST TWO RESIDUES, 381ALA AND 382LYS ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP THR: LAST TWO RESIDUES, 381ALA AND 382LYS ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP THR: LAST TWO RESIDUES, 381ALA AND 382LYS ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP THR: LAST TWO RESIDUES, 381ALA AND 382LYS ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAP
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 403.8 Å2 / ksol: 0.881 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 22250 / Rfactor all: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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