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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cbm | |||||||||
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タイトル | THE 1.8 ANGSTROM STRUCTURE OF CARBONMONOXY-BETA4 HEMOGLOBIN: ANALYSIS OF A HOMOTETRAMER WITH THE R QUATERNARY STRUCTURE OF LIGANDED ALPHA2BETA2 HEMOGLOBIN | |||||||||
要素 | HEMOGLOBIN BETA 4 (CARBONMONOXY) | |||||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Borgstahl, G.E.O. / Arnone, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: The 1.8 A structure of carbonmonoxy-beta 4 hemoglobin. Analysis of a homotetramer with the R quaternary structure of liganded alpha 2 beta 2 hemoglobin. 著者: Borgstahl, G.E. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cbm.cif.gz | 127.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cbm.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cbm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/1cbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/1cbm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.74 Å / Num. obs: 53563 / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 423044 / Rmerge(I) obs: 0.0475 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.74 Å / 最低解像度: 1.81 Å / % possible obs: 75.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.74→10 Å / σ(F): 2 詳細: THE ORTHOGONAL COORDINATE FRAME USED IN THIS ENTRY IS NOT THE DEFAULT ORTHOGONAL COORDINATE FRAME FOR SPACE GROUP P 21.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.7 Å2 |