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- PDB-1cbk: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE FROM HAEMOPHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cbk
タイトル7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE
要素PROTEIN (7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PYROPHOSPHOKINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7,8-DIHYDRO-7,7-DIMETHYL-6-HYDROXYPTERIN / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Hennig, M. / D'Arcy, A. / Dale, G. / Oefner, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The structure and function of the 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase from Haemophilus influenzae.
著者: Hennig, M. / Dale, G.E. / D'arcy, A. / Danel, F. / Fischer, S. / Gray, C.P. / Jolidon, S. / Muller, F. / Page, M.G. / Pattison, P. / Oefner, C.
履歴
登録1999年2月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE)
B: PROTEIN (7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2516
ポリマ－36,6402
非ポリマー6114
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.775, 50.791, 70.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS ONE DIMER.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE)


分子量: 18320.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43777
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ROI / 7,8-DIHYDRO-7,7-DIMETHYL-6-HYDROXYPTERIN


分子量: 209.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細IN THE INHIBITOR THE CH2-OH SIDE-CHAIN IN POSITION 6 IS MOST LIKELY REPLACED BY OXYGEN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: unknown / 詳細: seeding
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.8 M / 一般名: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.9686,0.9796,0.9794
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
20.97961
30.97941
反射解像度: 2.02→20 Å / Num. obs: 25768 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 6.21
反射 シェル解像度: 2.02→2.2 Å / Rsym value: 16.7 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 90489 / Rmerge(I) obs: 0.0621
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.02→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1288 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs-25768 98.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 40 404 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.722
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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