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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c16 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE GAMMA/DELTA T CELL LIGAND T22 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / NON-CLASSICAL MHC-LIKE / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY / BETA2-MICROGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Neutrophil degranulation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Neutrophil degranulation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wingren, C. / Crowley, M.P. / Degano, M. / Chien, Y. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of a gammadelta T cell receptor ligand T22: a truncated MHC-like fold. 著者: Wingren, C. / Crowley, M.P. / Degano, M. / Chien, Y. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c16.cif.gz | 285 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c16.ent.gz | 243.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c16.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c16 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29919.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q31615 #2: タンパク質 | 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 38389 / Num. obs: 34819 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→50 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / % possible all: 69.2 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 69.2 % / Num. unique obs: 2597 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 260335.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.56 Å2 / ksol: 0.233 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PA / Topol file: PROTEIN.TOP | |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 1040 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.245 / Rfactor Rfree: 0.301 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 49.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.602 / % reflection Rfree: 3.3 % / Rfactor Rwork: 0.534 |