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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bjj | ||||||
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タイトル | AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS | ||||||
要素 | AGKISTRODOTOXIN | ||||||
キーワード | PRESYNAPTIC NEUROTOXIN / PHOSPHOLIPASE A2 (ホスホリパーゼA2) / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホリパーゼA2 / phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gloydius halys (ヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, L. / Zhou, Y. / Lin, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structure of agkistrodotoxin in an orthorhombic crystal form with six molecules per asymmetric unit. 著者: Tang, L. / Zhou, Y.C. / Lin, Z.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bjj.cif.gz | 149.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bjj.ent.gz | 123.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bjj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1a2aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14013.746 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE SNAKE IS ALSO NAMED AGKISTRODON BLOMHOFFII BREVICAUDUS 由来: (天然) Gloydius halys (ヘビ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P14421, ホスホリパーゼA2 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24339 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rsym value: 0.169 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.67 % / Rsym value: 0.546 / % possible all: 92.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 71221 / Rmerge(I) obs: 0.169 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A2A 解像度: 2.8→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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