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万見
- PDB-1bil: CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON THE BINDING MODES OF P2-P3 BUTANEDIAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bil
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON THE BINDING MODES OF P2-P3 BUTANEDIAMIDE RENIN INHIBITORS
要素Reninレニン
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEINASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Hydrolase (加水分解酵素) / Membrane (生体膜) / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Zymogen (酵素前駆体) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


レニン / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / 急性アルコール中毒 / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins ...レニン / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / 急性アルコール中毒 / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / amyloid-beta metabolic process / cell maturation / response to cAMP / insulin-like growth factor receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / 血圧 / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0IU / レニン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tong, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Crystallographic studies on the binding modes of P2-P3 butanediamide renin inhibitors.
著者: Tong, L. / Pav, S. / Lamarre, D. / Simoneau, B. / Lavallee, P. / Jung, G.
履歴
登録1995年9月27日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年1月18日Group: Non-polymer description
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.62019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.72022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1674
ポリマ－73,8792
非ポリマー1,2882
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.100, 143.100, 143.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 23 / 2: CIS PROLINE - PRO A 111 / 3: CIS PROLINE - PRO A 294 / 4: CIS PROLINE - PRO A 297 / 5: CIS PROLINE - PRO B 23 / 6: CIS PROLINE - PRO B 111 / 7: CIS PROLINE - PRO B 294 / 8: CIS PROLINE - PRO B 297

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要素

#1: タンパク質 Renin / レニン / Angiotensinogenase


分子量: 36939.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLYCOSYLATED / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMV IE-HUMAN PREPRORENIN CDNA, REN / プラスミド: PMNC RETROVIRAL VECTOR / 遺伝子 (発現宿主): CMV IE-HUMAN PREPRORENIN CDNA / 発現宿主: STABLY TRANSFERRED DOG EPITHELIAL CELL / 参照: UniProt: P00797, レニン
#2: 化合物 ChemComp-0IU / (2S)-2-[(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-N~1~-[(1S,2R,3R)-1-(cyclohexylmethyl)-2,3-dihydroxy-5-methylhexyl]-N~4~-[2-(d imethylamino)-2-oxoethyl]-N~4~-[(1S)-1-phenylethyl]butanediamide / P2-P3 butanediamide renin inhibitor (1)


分子量: 643.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H53N5O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細HET GROUPS DMF, PHC, HII, CHA AND IP3 FORM AN INHIBITOR AND REFERRED TO AS INHIBITOR NUMBER 1 IN ...HET GROUPS DMF, PHC, HII, CHA AND IP3 FORM AN INHIBITOR AND REFERRED TO AS INHIBITOR NUMBER 1 IN THE MANUSCRIPT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium citrate1reservoir
30.6 M1reservoirNaCl
410 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 32160 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.17 -
obs0.17 32160
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5125 0 90 135 5350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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