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- PDB-1bhi: STRUCTURE OF TRANSACTIVATION DOMAIN OF CRE-BP1/ATF-2, NMR, 20 STR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bhi
タイトルSTRUCTURE OF TRANSACTIVATION DOMAIN OF CRE-BP1/ATF-2, NMR, 20 STRUCTURES
要素CRE-BP1
キーワードDNA-BINDING REGULATORY PROTEIN / CRE BINDING PROTEIN / ATF-2 / TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION DOMAIN / ZN FINGER (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production ...abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cAMP response element binding / cellular lipid metabolic process / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / histone H2B acetyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / cellular response to leucine starvation / brainstem development / histone H4 acetyltransferase activity / NK T cell differentiation / vacuole organization / neurofilament cytoskeleton organization / apoptotic process involved in development / NGF-stimulated transcription / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / motor neuron apoptotic process / response to osmotic stress / hepatocyte apoptotic process / outflow tract morphogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / white fat cell differentiation / BMP signaling pathway / adipose tissue development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / histone acetyltransferase activity / JNK cascade / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of angiogenesis / liver development / Regulation of PTEN gene transcription / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptidyl-threonine phosphorylation / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to organic cyclic compound / cellular response to virus / protein import into nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Circadian Clock / sequence-specific double-stranded DNA binding / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA damage response / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Nagadoi, A. / Nakazawa, K. / Uda, H. / Maekawa, T. / Ishii, S. / Nishimura, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the transactivation domain of ATF-2 comprising a zinc finger-like subdomain and a flexible subdomain.
著者: Nagadoi, A. / Nakazawa, K. / Uda, H. / Okuno, K. / Maekawa, T. / Ishii, S. / Nishimura, Y.
#1: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1990
タイトル: Erratum. Transcription Factor ATF Cdna Clones: An Extensive Family of Leucine Zipper Proteins Able to Selectively Form DNA-Binding Heterodimers
著者: Hai, T.W. / Liu, F. / Coukos, W.J. / Green, M.R.
#2: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1989
タイトル: Transcription Factor ATF Cdna Clones: An Extensive Family of Leucine Zipper Proteins Able to Selectively Form DNA-Binding Heterodimers
著者: Hai, T.W. / Liu, F. / Coukos, W.J. / Green, M.R.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Leucine Zipper Structure of the Protein Cre-BP1 Binding to the Cyclic AMP Response Element in Brain
著者: Maekawa, T. / Sakura, H. / Kanei-Ishii, C. / Sudo, T. / Yoshimura, T. / Fujisawa, J. / Yoshida, M. / Ishii, S.
履歴
登録1998年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRE-BP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3371
ポリマ－4,3371
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100THE 20 FINAL STRUCTURES EXHIBITED NO DISTANCE RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 0.1 ANGSTROMS AND DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS GREATER THAN 6.0 DEGREES.
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CRE-BP1 / ATF-2


分子量: 4336.971 Da / 分子数: 1
断片: ZINC FINGER-LIKE SUBDOMAIN OF THE TRANSACTIVATION DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDNA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15336

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURES OF N- AND C-TERMINI OF THE PEPTIDE FRAGMENT (MET 1 - PRO 6 AND LYS 36 - GLY 38) WERE DISORDERED AMONG THE 20 STRUCTURES.

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試料調製

試料状態pH: 6.3 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
EMBOSSNAKAI,KIDERA,NAKAMURA精密化
EMBOSS構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE 20 FINAL STRUCTURES EXHIBITED NO DISTANCE RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 0.1 ANGSTROMS AND DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS GREATER THAN 6.0 DEGREES.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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