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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b39 | ||||||
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タイトル | HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 PHOSPHORYLATED ON THR 160 | ||||||
要素 | PROTEIN (CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PROTEIN KINASE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / CELL CYCLE / CELL DIVISION / MITOSIS / PHOSPHORYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, N.R. / Noble, M.E.M. / Lawrie, A.M. / Morris, M.C. / Tunnah, P. / Divita, G. / Johnson, L.N. / Endicott, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Effects of phosphorylation of threonine 160 on cyclin-dependent kinase 2 structure and activity. 著者: Brown, N.R. / Noble, M.E. / Lawrie, A.M. / Morris, M.C. / Tunnah, P. / Divita, G. / Johnson, L.N. / Endicott, J.A. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995 タイトル: Multiple Modes of Ligand Recognition: Crystal Structures of Cyclin-Dependent Protein Kinase 2 in Complex with ATP and Two Inhibitors, Olomoucine and Isopentenyladenine 著者: Schulze-Gahmen, U. / Brandsen, J. / Jones, H.D. / Morgan, D.O. / Meijer, L. / Vesely, J. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b39.cif.gz | 77.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b39.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b39.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b39_validation.pdf.gz | 748.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b39_full_validation.pdf.gz | 764.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b39_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b39_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b39 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34002.527 Da / 分子数: 1 / 断片: INTACT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: BACULOVIRUS / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: streak seeding / pH: 7.5 詳細: STREAK SEEDING FROM UNPHOSPHORYLATED CDK2 CRYSTALS, USING PHOSPHORYLATED CDK2 PROTEIN PREEQUILIBRATED AGAINST WELL SOLUTION. PROTEIN AT 10 MG/ML IN 50MM TRIS/HCL PH7.5, 50MM NACL. WELL ...詳細: STREAK SEEDING FROM UNPHOSPHORYLATED CDK2 CRYSTALS, USING PHOSPHORYLATED CDK2 PROTEIN PREEQUILIBRATED AGAINST WELL SOLUTION. PROTEIN AT 10 MG/ML IN 50MM TRIS/HCL PH7.5, 50MM NACL. WELL SOLUTION OF 12-16% PEG 3350, 0.1M TRIS/HCL PH 7.5, 50MM AMMONIUM ACETATE., streak seeding | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.044 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.044 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 15947 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 70130 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: UNPUBLISHED 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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