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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1azi | ||||||
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タイトル | MYOGLOBIN (HORSE HEART) RECOMBINANT WILD-TYPE COMPLEXED WITH AZIDE | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / RESPIRATORY PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Maurus, R. / Brayer, G.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1998 タイトル: Structural and spectroscopic studies of azide complexes of horse heart myoglobin and the His-64-->Thr variant. 著者: Maurus, R. / Bogumil, R. / Nguyen, N.T. / Mauk, A.G. / Brayer, G. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997 タイトル: A Myoglobin Variant with a Polar Substitution in a Conserved Hydrophobic Cluster in the Heme Binding Pocket 著者: Maurus, R. / Overall, C.M. / Bogumil, R. / Luo, Y. / Mauk, A.G. / Smith, M. / Brayer, G.D. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Structural Characterization of Heme Ligation in the His64-->Tyr Variant of Myoglobin 著者: Maurus, R. / Bogumil, R. / Luo, Y. / Tang, H.L. / Smith, M. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Ftir Analysis of the Interaction of Azide with Horse Heart Myoglobin Variants 著者: Bogumil, R. / Hunter, C.L. / Maurus, R. / Tang, H.L. / Lee, H. / Lloyd, E. / Brayer, G.D. / Smith, M. / Mauk, A.G. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Three-Dimensional Structure of Cyanomet-Sulfmyoglobin C 著者: Evans, S.V. / Sishta, B.P. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D. #5: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991 タイトル: Expression in Escherichia Coli of a Synthetic Gene Coding for Horse Heart Myoglobin 著者: Guillemette, J.G. / Matsushima-Hibiya, Y. / Atkinson, T. / Smith, M. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Study of the Three-Dimensional Structure of Horse Heart Metmyoglobin 著者: Evans, S.V. / Brayer, G.D. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988 タイトル: Horse Heart Metmyoglobin. A 2.8-A Resolution Three-Dimensional Structure Determination 著者: Evans, S.V. / Brayer, G.D. #8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Data for Horse Heart Metmyoglobin 著者: Sherwood, C. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1azi.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1azi.ent.gz | 31.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1azi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1azi_validation.pdf.gz | 482.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1azi_full_validation.pdf.gz | 491.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1azi_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1azi_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/1azi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/1azi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-AZI / |
#4: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月23日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 5531 / % possible obs: 71.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 14776 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |