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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ave | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG-WHITE APO-AVIDIN IN RELATION TO ITS THERMAL STABILITY PROPERTIES | ||||||
要素 | AVIDIN | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pugliese, L. / Coda, A. / Malcovati, M. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of apo-avidin from hen egg-white. 著者: Pugliese, L. / Malcovati, M. / Coda, A. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tetragonal Crystal Form of Egg-White Avidin in its Functional Complex with Biotin at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Pugliese, L. / Coda, A. / Malcovati, M. / Bolognesi, M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984 タイトル: Crystallization of Hen Egg-White Avidin in a Tetragonal Form 著者: Gatti, G. / Bolognesi, M. / Coda, A. / Chiolerio, F. / Filippini, E. / Malcovati, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *CH1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *CH1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ave.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ave.ent.gz | 46 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ave.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ave_validation.pdf.gz | 447.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ave_full_validation.pdf.gz | 465.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ave_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ave_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/1ave ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/1ave | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4074, 0.9132, -0.008), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14350.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701 #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | POSITION 34 SHOWS RESIDUE MICROHETEROGENEITY (THR OR ILE), AS DETERMINED FROM AMINO ACID SEQUENCING. ...POSITION 34 SHOWS RESIDUE MICROHETER | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: referred to 'Pugliese, L.', (1993) J.Mol.Biol., 231, 698-710 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 6390 / Num. measured all: 29082 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.166 / 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 6390 / Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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