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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aoz | ||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF ASCORBATE OXIDASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | ASCORBATE OXIDASEL-アスコルビン酸オキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(OXYGEN ACCEPTOR) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-アスコルビン酸オキシダーゼ / L-ascorbate oxidase activity / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cucurbita pepo var. melopepo (ズッキーニ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Messerschmidt, A. / Ladenstein, R. / Huber, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Refined crystal structure of ascorbate oxidase at 1.9 A resolution. 著者: Messerschmidt, A. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Bolognesi, M. / Avigliano, L. / Petruzzelli, R. / Rossi, A. / Finazzi-Agro, A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: X-Ray Crystal Structure of the Blue Oxidase Ascorbate Oxidase from Zucchini. Analysis of the Polypeptide Fold and a Model of the Copper Sites and Ligands 著者: Messerschmidt, A. / Rossi, A. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Bolognesi, M. / Gatti, G. / Marchesini, A. / Petruzzelli, R. / Finazzi-Agro, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aoz.cif.gz | 247.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aoz.ent.gz | 199.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aoz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1aoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1aoz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 32 / 2: CIS PROLINE - PRO A 160 / 3: CIS PROLINE - PRO A 300 4: ASN A 551 - PRO A 552 OMEGA ANGLE = 88.478 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: CIS PROLINE - PRO B 32 / 6: CIS PROLINE - PRO B 160 / 7: CIS PROLINE - PRO B 300 8: ASN B 551 - PRO B 552 OMEGA ANGLE = 76.915 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 61768.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cucurbita pepo var. melopepo (ズッキーニ) 生物種: Cucurbita pepoペポカボチャ / 株: var. melopepo 参照: UniProt: P37064, L-アスコルビン酸オキシダーゼ #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 977分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis詳細: referred to 'Bolognesi, M.', (1983) J. Mol. Biol., 169, 351-352 PH range low: 5.8 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 86529 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 249029 / Rmerge(I) obs: 0.094 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 85252 / Rfactor obs: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.99 |