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- PDB-1aij: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aij
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THE CHARGE-NEUTRAL DQAQB STATE
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ...Photosynthetic reaction centre) x 3
キーワードPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / CHARGE NEUTRAL
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / イレギュラー / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Stowell, M.H.B. / Mcphillips, T.M. / Soltis, S.M. / Rees, D.C. / Abresch, E. / Feher, G.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Light-induced structural changes in photosynthetic reaction center: implications for mechanism of electron-proton transfer.
著者: Stowell, M.H. / McPhillips, T.M. / Rees, D.C. / Soltis, S.M. / Abresch, E. / Feher, G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Structure and Function of Bacterial Photosynthetic Reaction Centres
著者: Feher, G. / Allen, J.P. / Okamura, M.Y. / Rees, D.C.
#2: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 1989
タイトル: The Bacterial Photosynthetic Reaction Center as a Model for Membrane Proteins
著者: Rees, D.C. / Komiya, H. / Yeates, T.O. / Allen, J.P. / Feher, G.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26 and 2.4.1: Protein-Cofactor (Bacteriochlorophyll, Bacteriopheophytin, and Carotenoid) Interactions
著者: Yeates, T.O. / Komiya, H. / Chirino, A. / Rees, D.C. / Allen, J.P. / Feher, G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26 and 2.4.1: Symmetry Relations and Sequence Comparisons between Different Species
著者: Komiya, H. / Yeates, T.O. / Rees, D.C. / Allen, J.P. / Feher, G.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: Protein-Cofactor (Quinones and Fe2+) Interactions
著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: The Protein Subunits
著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C.
#7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: The Cofactors
著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C.
#8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: Membrane-Protein Interactions
著者: Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C. / Allen, J.P. / Feher, G.
#9: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Structural Homology of Reaction Centers from Rhodopseudomonas Sphaeroides and Rhodopseudomonas Viridis as Determined by X-Ray Diffraction
著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Rees, D.C. / Deisenhofer, J. / Michel, H. / Huber, R.
#10: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1984
タイトル: Crystallization of Reaction Center from Rhodopseudomonas Sphaeroides: Preliminary Characterization
著者: Allen, J.P. / Feher, G.
履歴
登録1997年4月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)
R: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)
S: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)
T: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,09628
ポリマ－187,7656
非ポリマー15,33222
水8,431468
1
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,00716
ポリマ－93,8823
非ポリマー8,12513
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32850 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
2
R: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)
S: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)
T: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,08912
ポリマ－93,8823
非ポリマー7,2079
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29370 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area30190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.080, 140.080, 271.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, -0.00114, 0.00196), (-0.00226, -0.5211, 0.85349), (5.0E-5, -0.8535, -0.5211)
ベクター: -39.69329, 61.21699, 141.10367)

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ... , 3種, 6分子 LRMSHT

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (L SUBUNIT)


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (M SUBUNIT)


分子量: 34398.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER (H SUBUNIT)


分子量: 28137.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS

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非ポリマー , 6種, 490分子

#4: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 化合物
ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン / フェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#6: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Allen, J.P., (1994) Proteins. Struct. Funct. Genet., 20, 283.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-Cl1drop
30.85 %beta-octylglucoside1drop
46.0 %PEG40001drop
50.4 %amphiphiles benzamidine hydrochloride1drop
62.5 %heptane triol1drop
732 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: BENT
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 114087 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.056
反射
*PLUS
Num. measured all: 335463 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.146

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MERLOT位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLECULAR / 解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 5884 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 112334 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12996 0 929 468 14393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 373 5 %
Rwork0.323 7026 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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