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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a2i | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBOROUGH) FERROCYTOCHROME C3, NMR, 20 STRUCTURES | ||||||
要素 | CYTOCHROME C3 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HEMEPROTEIN / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / REDOX-BOHR EFFECT / COOPERATIVITY / ENERGY TRANSDUCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING | ||||||
データ登録者 | Messias, A.C. / Kastrau, D.H.K. / Costa, H.S. / Legall, J. / Turner, D.L. / Santos, H. / Xavier, A.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Solution structure of Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough) ferrocytochrome c3: structural basis for functional cooperativity. 著者: Messias, A.C. / Kastrau, D.H. / Costa, H.S. / LeGall, J. / Turner, D.L. / Santos, H. / Xavier, A.V. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Refinement of the Three-Dimensional Structures of Cytochromes C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.67 A Resolution and from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc27774 at 1.6 A Resolution 著者: Simoes, P. / Matias, P.M. / Morais, J. / Wilson, K. / Dauter, Z. / Carrondo, M.A. #2: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997 タイトル: Redox-Bohr Effect in Electron/Proton Energy Transduction: Cytochrome C3 Coupled to Hydrogenase Works as a 'Proton Thruster' in Desulfovibrio Vulgaris 著者: Louro, R.O. / Catarino, T. / Legall, J. / Xavier, A.V. #3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996 タイトル: NMR Studies of Cooperativity in the Tetrahaem Cytochrome C3 from Desulfovibrio Vulgaris 著者: Turner, D.L. / Salgueiro, C.A. / Catarino, T. / Legall, J. / Xavier, A.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a2i.cif.gz | 728 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a2i.ent.gz | 632 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a2i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11687.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CLASS III OF C-TYPE CYTOCHROMES, FULLY REDUCED FORM 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P00131 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D-1H-NOESY 2D-1H-TOCSY 2D-1H-COSY |
-試料調製
試料状態 | pH: 8.5 / 温度: 303 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |