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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 133l | ||||||
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タイトル | ROLE OF ARG 115 IN THE CATALYTIC ACTION OF HUMAN LYSOZYME. X-RAY STRUCTURE OF HIS 115 AND GLU 115 MUTANTS | ||||||
要素 | HUMAN LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Harata, K. / Muraki, M. / Jigami, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Role of Arg115 in the catalytic action of human lysozyme. X-ray structure of His115 and Glu115 mutants. 著者: Harata, K. / Muraki, M. / Jigami, Y. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1989 タイトル: A Structural Requirement in the Subsite F of Lysozyme. The Role of Arginine 115 in Human Lysozyme Revealed by Site-Directed Mutagenesis 著者: Muraki, M. / Morikawa, M. / Jigami, Y. / Tanaka, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 133l.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb133l.ent.gz | 26.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 133l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/33/133l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/33/133l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14701.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: M13 / 参照: UniProt: P61626, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.46 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used seeding | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.77 Å / Num. obs: 10122 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.77→10 Å / Rfactor Rwork: 0.181 / Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 8458 / σ(F): 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |