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- EMDB-9700: Cryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii PSI-LHCI supercomplex at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9700
タイトルCryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii PSI-LHCI supercomplex at 6.9A resolution
マップデータC. reinhardtii PSI-LHCI supercomplex
試料
  • 複合体: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Burton-Smith RN / Kubota-Kawai H / Murata K
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: Ten antenna proteins are associated with the core in the supramolecular organization of the photosystem I supercomplex in .
著者: Hisako Kubota-Kawai / Raymond N Burton-Smith / Ryutaro Tokutsu / Chihong Song / Seiji Akimoto / Makio Yokono / Yoshifumi Ueno / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Kazuyoshi Murata / Jun Minagawa /
要旨: Photosystem I (PSI) is a large pigment-protein complex mediating light-driven charge separation and generating a highly negative redox potential, which is eventually utilized to produce organic ...Photosystem I (PSI) is a large pigment-protein complex mediating light-driven charge separation and generating a highly negative redox potential, which is eventually utilized to produce organic matter. In plants and algae, PSI possesses outer antennae, termed light-harvesting complex I (LHCI), which increase the energy flux to the reaction center. The number of outer antennae for PSI in the green alga is known to be larger than that of land plants. However, their exact number and location remain to be elucidated. Here, applying a newly established sample purification procedure, we isolated a highly pure PSI-LHCI supercomplex containing all nine gene products under state 1 conditions. Single-particle cryo-EM revealed the 3D structure of this supercomplex at 6.9 Å resolution, in which the densities near the PsaF and PsaJ subunits were assigned to two layers of LHCI belts containing eight LHCIs, whereas the densities between the PsaG and PsaH subunits on the opposite side of the LHCI belt were assigned to two extra LHCIs. Using single-particle cryo-EM, we also determined the 2D projection map of the mutant, which confirmed the assignment of LHCA2 and LHCA9 to the densities between PsaG and PsaH. Spectroscopic measurements of the PSI-LHCI supercomplex suggested that the bound LHCA2 and LHCA9 proteins have the ability to increase the light-harvesting energy for PSI. We conclude that the PSI in has a larger and more distinct outer-antenna organization and higher light-harvesting capability than that in land plants.
履歴
登録2018年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2019年4月10日-
現状2019年4月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0516
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0516
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9700.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C. reinhardtii PSI-LHCI supercomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.992 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0516 / ムービー #1: 0.0516
最小 - 最大-0.07477446 - 0.3823998
平均 (標準偏差)0.0007578 (±0.008599233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 509.952 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.9921.9921.992
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z509.952509.952509.952
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0750.3820.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.

全体名称: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.
要素
  • 複合体: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.

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超分子 #1: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.

超分子名称: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: 137c
分子量理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5l8r

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 10835
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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