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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9700 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of Chlamydomonas reinhardtii PSI-LHCI supercomplex at 6.9A resolution | |||||||||
マップデータ | C. reinhardtii PSI-LHCI supercomplex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Kubota-Kawai H / Murata K | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019 タイトル: Ten antenna proteins are associated with the core in the supramolecular organization of the photosystem I supercomplex in . 著者: Hisako Kubota-Kawai / Raymond N Burton-Smith / Ryutaro Tokutsu / Chihong Song / Seiji Akimoto / Makio Yokono / Yoshifumi Ueno / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Kazuyoshi Murata / Jun Minagawa / 要旨: Photosystem I (PSI) is a large pigment-protein complex mediating light-driven charge separation and generating a highly negative redox potential, which is eventually utilized to produce organic ...Photosystem I (PSI) is a large pigment-protein complex mediating light-driven charge separation and generating a highly negative redox potential, which is eventually utilized to produce organic matter. In plants and algae, PSI possesses outer antennae, termed light-harvesting complex I (LHCI), which increase the energy flux to the reaction center. The number of outer antennae for PSI in the green alga is known to be larger than that of land plants. However, their exact number and location remain to be elucidated. Here, applying a newly established sample purification procedure, we isolated a highly pure PSI-LHCI supercomplex containing all nine gene products under state 1 conditions. Single-particle cryo-EM revealed the 3D structure of this supercomplex at 6.9 Å resolution, in which the densities near the PsaF and PsaJ subunits were assigned to two layers of LHCI belts containing eight LHCIs, whereas the densities between the PsaG and PsaH subunits on the opposite side of the LHCI belt were assigned to two extra LHCIs. Using single-particle cryo-EM, we also determined the 2D projection map of the mutant, which confirmed the assignment of LHCA2 and LHCA9 to the densities between PsaG and PsaH. Spectroscopic measurements of the PSI-LHCI supercomplex suggested that the bound LHCA2 and LHCA9 proteins have the ability to increase the light-harvesting energy for PSI. We conclude that the PSI in has a larger and more distinct outer-antenna organization and higher light-harvesting capability than that in land plants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9700.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9700-v30.xml emd-9700.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9700_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9700.png | 46.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9700 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9700_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9700_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9700_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9700 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C. reinhardtii PSI-LHCI supercomplex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.992 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.
全体 | 名称: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits. |
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要素 |
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-超分子 #1: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits.
超分子 | 名称: Supercomplex of photosystem I core with ten bound LHCA subunits. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: 137c |
分子量 | 理論値: 800 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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