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- EMDB-9041: Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate c... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 9041
タイトルMycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin
マップデータprimary map
試料Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • (RNA polymerase-binding ...) x 2
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • (ligandリガンド) x 3
機能・相同性RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase-binding protein RbpA / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / CarD-like/TRCF domain superfamily / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily ...RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase-binding protein RbpA / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / CarD-like/TRCF domain superfamily / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / Sigma-70 region 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / Sigma-70, region 4 / Sigma-70 region 2 / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / RbpA superfamily / CarD-like/TRCF domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerases beta chain signature. / Sigma-70 factors family signature 2. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase-binding protein / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase sigma-70 / CarD-like/TRCF domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / RNA polymerase, subunit omega/K/RPB6 / RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / transcription initiation from bacterial-type RNA polymerase promoter / sigma factor activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / pathogenesis / protein dimerization activity / transcription, DNA-templated / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription, DNA-templated / DNA binding / 細胞質 / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / RNA polymerase-binding protein RbpA / RNA polymerase-binding transcription factor CarD / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
機能・相同性情報
由来Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.55Å分解能
データ登録者Darst SA / Campbell EA / Boyaci Selcuk H / Chen J
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Structures of an RNA polymerase promoter melting intermediate elucidate DNA unwinding.
著者: Hande Boyaci / James Chen / Rolf Jansen / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell
構造検証レポートPDB-ID: 6eec

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年8月13日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年2月28日 / マップ公開: 2018年11月21日 / 最新の更新: 2019年1月23日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.45
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-6eec
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_9041.map.gz (map file in CCP4 format, 62501 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
250 pix
1.3 Å/pix.
= 325. Å
250 pix
1.3 Å/pix.
= 325. Å
250 pix
1.3 Å/pix.
= 325. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面のレベル:0.3 (by author), 0.45 (ムービー #1)
最小 - 最大-1.6421853 - 3.1111724
平均 (標準偏差)0.005514803 (0.103471555)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions250250250
Origin0.00.00.0
Limit249.0249.0249.0
Spacing250250250
セルA=B=C: 325.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.000325.000325.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-1.6423.1110.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex

全体名称: Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex
構成要素数: 13

+
構成要素 #1: タンパク質, Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex

タンパク質名称: Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex
組換発現: No
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #2: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.745328 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 130.070797 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 148.202219 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase subunit omega

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.776996 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, RNA polymerase sigma factor SigA

タンパク質名称: RNA polymerase sigma factor SigA / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 58.169477 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #7: タンパク質, RNA polymerase-binding protein RbpA

タンパク質名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.993695 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #8: 核酸, DNA (65-MER)

核酸名称: DNA (65-MER) / クラス: DNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)
分子量理論値: 27.907809 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

+
構成要素 #9: 核酸, DNA (63-MER)

核酸名称: DNA (63-MER) / クラス: DNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)
分子量理論値: 27.618625 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

+
構成要素 #10: タンパク質, RNA polymerase-binding transcription factor CarD

タンパク質名称: RNA polymerase-binding transcription factor CarD / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.933361 kDa
由来生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #11: リガンド, methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-...

リガンド名称: methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.527649 kDa

+
構成要素 #12: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #13: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 8
支持膜unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 69.9 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 246409
3次元再構成分解能: 3.55 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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