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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8884 | |||||||||
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タイトル | RCT reconstruction of HCMV Pentamer with receptor and 3G16 Fab fragment. | |||||||||
マップデータ | RCT reconstruction of CMV Pentamer bound to Receptor and 3G16 Fab fragment. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ciferri C / Arthur CP / Dosey AM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: An Unbiased Screen for Human Cytomegalovirus Identifies Neuropilin-2 as a Central Viral Receptor. 著者: Nadia Martinez-Martin / Jessica Marcandalli / Christine S Huang / Christopher P Arthur / Michela Perotti / Mathilde Foglierini / Hoangdung Ho / Annie M Dosey / Stephanie Shriver / Jian ...著者: Nadia Martinez-Martin / Jessica Marcandalli / Christine S Huang / Christopher P Arthur / Michela Perotti / Mathilde Foglierini / Hoangdung Ho / Annie M Dosey / Stephanie Shriver / Jian Payandeh / Alexander Leitner / Antonio Lanzavecchia / Laurent Perez / Claudio Ciferri / 要旨: Characterizing cell surface receptors mediating viral infection is critical for understanding viral tropism and developing antiviral therapies. Nevertheless, due to challenges associated with ...Characterizing cell surface receptors mediating viral infection is critical for understanding viral tropism and developing antiviral therapies. Nevertheless, due to challenges associated with detecting protein interactions on the cell surface, the host receptors of many human pathogens remain unknown. Here, we build a library consisting of most single transmembrane human receptors and implement a workflow for unbiased and high-sensitivity detection of receptor-ligand interactions. We apply this technology to elucidate the long-sought receptor of human cytomegalovirus (HCMV), the leading viral cause of congenital birth defects. We identify neuropilin-2 (Nrp2) as the receptor for HCMV-pentamer infection in epithelial/endothelial cells and uncover additional HCMV interactors. Using a combination of biochemistry, cell-based assays, and electron microscopy, we characterize the pentamer-Nrp2 interaction and determine the architecture of the pentamer-Nrp2 complex. This work represents an important approach to the study of host-pathogen interactions and provides a framework for understanding HCMV infection, neutralization, and the development of novel anti-HCMV therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8884.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8884-v30.xml emd-8884.xml | 7 KB 7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8884.png | 125.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8884 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8884 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RCT reconstruction of CMV Pentamer bound to Receptor and 3G16 Fab fragment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HCMV Pentamer with receptor and 3G16 Fab fragment bound.
全体 | 名称: HCMV Pentamer with receptor and 3G16 Fab fragment bound. |
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要素 |
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-超分子 #1: HCMV Pentamer with receptor and 3G16 Fab fragment bound.
超分子 | 名称: HCMV Pentamer with receptor and 3G16 Fab fragment bound. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Hek293 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
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最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 570 |