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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8694 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM map of CA45 Fab bound to EBOV GPdTM | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM map of CA45 Fab bound to EBOV GPdTM | |||||||||
試料 |
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生物種 | Macaca fascicularis (カニクイザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Turner HL / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Immunization-Elicited Broadly Protective Antibody Reveals Ebolavirus Fusion Loop as a Site of Vulnerability. 著者: Xuelian Zhao / Katie A Howell / Shihua He / Jennifer M Brannan / Anna Z Wec / Edgar Davidson / Hannah L Turner / Chi-I Chiang / Lin Lei / J Maximilian Fels / Hong Vu / Sergey Shulenin / ...著者: Xuelian Zhao / Katie A Howell / Shihua He / Jennifer M Brannan / Anna Z Wec / Edgar Davidson / Hannah L Turner / Chi-I Chiang / Lin Lei / J Maximilian Fels / Hong Vu / Sergey Shulenin / Ashley N Turonis / Ana I Kuehne / Guodong Liu / Mi Ta / Yimeng Wang / Christopher Sundling / Yongli Xiao / Jennifer S Spence / Benjamin J Doranz / Frederick W Holtsberg / Andrew B Ward / Kartik Chandran / John M Dye / Xiangguo Qiu / Yuxing Li / M Javad Aman / 要旨: While neutralizing antibodies are highly effective against ebolavirus infections, current experimental ebolavirus vaccines primarily elicit species-specific antibody responses. Here, we describe an ...While neutralizing antibodies are highly effective against ebolavirus infections, current experimental ebolavirus vaccines primarily elicit species-specific antibody responses. Here, we describe an immunization-elicited macaque antibody (CA45) that clamps the internal fusion loop with the N terminus of the ebolavirus glycoproteins (GPs) and potently neutralizes Ebola, Sudan, Bundibugyo, and Reston viruses. CA45, alone or in combination with an antibody that blocks receptor binding, provided full protection against all pathogenic ebolaviruses in mice, guinea pigs, and ferrets. Analysis of memory B cells from the immunized macaque suggests that elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) for ebolaviruses is possible but difficult, potentially due to the rarity of bNAb clones and their precursors. Unexpectedly, germline-reverted CA45, while exhibiting negligible binding to full-length GP, bound a proteolytically remodeled GP with picomolar affinity, suggesting that engineered ebolavirus vaccines could trigger rare bNAb precursors more robustly. These findings have important implications for developing pan-ebolavirus vaccine and immunotherapeutic cocktails. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8694.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8694-v30.xml emd-8694.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8694.png | 44 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8694 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8694 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain EM map of CA45 Fab bound to EBOV GPdTM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CA45 Fab bound to EBOV GPdTM
全体 | 名称: CA45 Fab bound to EBOV GPdTM |
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要素 |
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-超分子 #1: CA45 Fab bound to EBOV GPdTM
超分子 | 名称: CA45 Fab bound to EBOV GPdTM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.376 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: TBS |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | モデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: Model derived from common lines using seven hand-picked 2D classes. |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 130 / 平均メンバー数/クラス: 130 |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 16842 |