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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8585 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of crosslinked E.coli RNA polymerase elongation complex | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of crosslinked E.coli RNA polymerase elongation complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / T7likevirus (ウイルス) / Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Kang JY / Darst SA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structural basis of transcription arrest by coliphage HK022 Nun in an RNA polymerase elongation complex. 著者: Jin Young Kang / Paul Dominic B Olinares / James Chen / Elizabeth A Campbell / Arkady Mustaev / Brian T Chait / Max E Gottesman / Seth A Darst / 要旨: Coliphage HK022 Nun blocks superinfection by coliphage λ by stalling RNA polymerase (RNAP) translocation specifically on λ DNA. To provide a structural framework to understand how Nun blocks RNAP ...Coliphage HK022 Nun blocks superinfection by coliphage λ by stalling RNA polymerase (RNAP) translocation specifically on λ DNA. To provide a structural framework to understand how Nun blocks RNAP translocation, we determined structures of RNAP ternary elongation complexes (TECs) with and without Nun by single-particle cryo-electron microscopy. Nun fits tightly into the TEC by taking advantage of gaps between the RNAP and the nucleic acids. The C-terminal segment of Nun interacts with the RNAP β and β' subunits inside the RNAP active site cleft as well as with nearly every element of the nucleic acid scaffold, essentially crosslinking the RNAP and the nucleic acids to prevent translocation, a mechanism supported by the effects of Nun amino acid substitutions. The nature of Nun interactions inside the RNAP active site cleft suggests that RNAP clamp opening is required for Nun to establish its interactions, explaining why Nun acts on paused TECs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8585.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8585-v30.xml emd-8585.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8585.png | 176 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8585 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8585 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of crosslinked E.coli RNA polymerase elongation complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Crosslinked E.coli RNA polymerase ternary elongation complex
+超分子 #1: Crosslinked E.coli RNA polymerase ternary elongation complex
+分子 #1: DNA (29-MER)
+分子 #2: DNA (29-MER)
+分子 #3: RNA (5'-R(*GP*CP*A*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U...
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat CF-1.2/1.3-3Au / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 85.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 275600 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND4 (ver. 4) / 詳細: CTF parameters were estimated by CTFFIND4 |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: E.coli core enzyme structure were extracted from PDB 4LLG, and converted to map by using EMAN2 command e2pdb2mrc.py |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 45900 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 83800 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6alf: |