[日本語] English
万見
- EMDB-8582: Structure of the HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 by Cryo-EM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8582
タイトルStructure of the HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 by Cryo-EM
マップデータCryoEM structure of HIV-1 capsid protein and spacer peptide-1 (CA-SP1)
試料
  • 複合体: HIV-1 CA-SP1
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle ...gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Zhang P / Randall S
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Quenching protein dynamics interferes with HIV capsid maturation.
著者: Mingzhang Wang / Caitlin M Quinn / Juan R Perilla / Huilan Zhang / Randall Shirra / Guangjin Hou / In-Ja Byeon / Christopher L Suiter / Sherimay Ablan / Emiko Urano / Theodore J Nitz / ...著者: Mingzhang Wang / Caitlin M Quinn / Juan R Perilla / Huilan Zhang / Randall Shirra / Guangjin Hou / In-Ja Byeon / Christopher L Suiter / Sherimay Ablan / Emiko Urano / Theodore J Nitz / Christopher Aiken / Eric O Freed / Peijun Zhang / Klaus Schulten / Angela M Gronenborn / Tatyana Polenova /
要旨: Maturation of HIV-1 particles encompasses a complex morphological transformation of Gag via an orchestrated series of proteolytic cleavage events. A longstanding question concerns the structure of ...Maturation of HIV-1 particles encompasses a complex morphological transformation of Gag via an orchestrated series of proteolytic cleavage events. A longstanding question concerns the structure of the C-terminal region of CA and the peptide SP1 (CA-SP1), which represents an intermediate during maturation of the HIV-1 virus. By integrating NMR, cryo-EM, and molecular dynamics simulations, we show that in CA-SP1 tubes assembled in vitro, which represent the features of an intermediate assembly state during maturation, the SP1 peptide exists in a dynamic helix-coil equilibrium, and that the addition of the maturation inhibitors Bevirimat and DFH-055 causes stabilization of a helical form of SP1. Moreover, the maturation-arresting SP1 mutation T8I also induces helical structure in SP1 and further global dynamical and conformational changes in CA. Overall, our results show that dynamics of CA and SP1 are critical for orderly HIV-1 maturation and that small molecules can inhibit maturation by perturbing molecular motions.
履歴
登録2017年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2017年12月13日-
現状2017年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5up4
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5up4
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8582.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 465.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of HIV-1 capsid protein and spacer peptide-1 (CA-SP1)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.005759892 - 0.046030093
平均 (標準偏差)0.0023228726 (±0.006946994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ496496496
Spacing496496496
セルA=B=C: 545.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z496496496
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z545.600545.600545.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS496496496
D min/max/mean-0.0060.0460.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : HIV-1 CA-SP1

全体名称: HIV-1 CA-SP1
要素
  • 複合体: HIV-1 CA-SP1
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1

-
超分子 #1: HIV-1 CA-SP1

超分子名称: HIV-1 CA-SP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1

分子名称: HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 24.654268 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF ...文字列:
PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF YKTLRAEQAS QEVKNWMTET LLVQNANPDC KTILKALGPG ATLEEMMTAC QGV

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

-
試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
1.0 MNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMTRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 実像数: 200 / 平均電子線量: 23.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 13.46 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 128.88 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 14000
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3j34

chain_id: A, residue_range: 1-220

2kod

chain_id: A, residue_range: 221-231

3j34

chain_id: B, residue_range: 1-220

3j34

chain_id: C, residue_range: 1-220

3j34

chain_id: D, residue_range: 1-220

3j34

chain_id: E, residue_range: 1-220

3j34

chain_id: F, residue_range: 1-220
得られたモデル

PDB-5up4:
Structure of the HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 by Cryo-EM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る