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- EMDB-8506: Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8506
タイトルStructural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Binding to Ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2
    • 複合体: 30S subunitProkaryotic small ribosomal subunit
      • 細胞器官・細胞要素: 16S rRNA
        • RNA: 16S rRNA
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S3
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S4
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S5
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • 複合体: 50S subunitProkaryotic large ribosomal subunit
      • 細胞器官・細胞要素: 23S rRNA23SリボソームRNA
        • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
    • 細胞器官・細胞要素: Alternative ribosome-rescue factor A
      • タンパク質・ペプチド: Alternative ribosome-rescue factor A
    • 細胞器官・細胞要素: Peptide chain release factor 2
      • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor 2
    • 細胞器官・細胞要素: P-site tRNA fMet
      • RNA: P-site tRNA fMet
    • 細胞器官・細胞要素: mRNA伝令RNA
      • RNA: mRNA伝令RNA
キーワードRibosome (リボソーム) / ArfA / RF2 / nonstop translation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / ribosomal large subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / rescue of stalled ribosome / translational termination / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing ...translation release factor activity, codon specific / ribosomal large subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / rescue of stalled ribosome / translational termination / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alternative ribosome-rescue factor A / Alternative ribosome-rescue factor A / Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain ...Alternative ribosome-rescue factor A / Alternative ribosome-rescue factor A / Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / KHドメイン / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / S4 RNA-binding domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / S4 domain / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide chain release factor RF2 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Alternative ribosome-rescue factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zeng F / Chen Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120552 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis of co-translational quality control by ArfA and RF2 bound to ribosome.
著者: Fuxing Zeng / Yanbo Chen / Jonathan Remis / Mrinal Shekhar / James C Phillips / Emad Tajkhorshid / Hong Jin /
要旨: Quality control mechanisms intervene appropriately when defective translation events occur, in order to preserve the integrity of protein synthesis. Rescue of ribosomes translating on messenger RNAs ...Quality control mechanisms intervene appropriately when defective translation events occur, in order to preserve the integrity of protein synthesis. Rescue of ribosomes translating on messenger RNAs that lack stop codons is one of the co-translational quality control pathways. In many bacteria, ArfA recognizes stalled ribosomes and recruits the release factor RF2, which catalyses the termination of protein synthesis. Although an induced-fit mechanism of nonstop mRNA surveillance mediated by ArfA and RF2 has been reported, the molecular interaction between ArfA and RF2 in the ribosome that is responsible for the mechanism is unknown. Here we report an electron cryo-microscopy structure of ArfA and RF2 in complex with the 70S ribosome bound to a nonstop mRNA. The structure, which is consistent with our kinetic and biochemical data, reveals the molecular interactions that enable ArfA to specifically recruit RF2, not RF1, into the ribosome and to enable RF2 to release the truncated protein product in this co-translational quality control pathway. The positively charged C-terminal domain of ArfA anchors in the mRNA entry channel of the ribosome. Furthermore, binding of ArfA and RF2 induces conformational changes in the ribosomal decoding centre that are similar to those seen in other protein-involved decoding processes. Specific interactions between residues in the N-terminal domain of ArfA and RF2 help RF2 to adopt a catalytically competent conformation for peptide release. Our findings provide a framework for understanding recognition of the translational state of the ribosome by new proteins, and expand our knowledge of the decoding potential of the ribosome.
履歴
登録2016年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月4日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5u4j
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5u4j
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8506.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.193 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.19296288 - 0.23596789
平均 (標準偏差)0.0000067479664 (±0.005431493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 458.112 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1931.1931.193
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.112458.112458.112
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1930.2360.000

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添付データ

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_8506_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_8506_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2

全体名称: Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2
要素
  • 複合体: Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2
    • 複合体: 30S subunitProkaryotic small ribosomal subunit
      • 細胞器官・細胞要素: 16S rRNA
        • RNA: 16S rRNA
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S3
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S4
        • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S5
      • 細胞器官・細胞要素: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • 複合体: 50S subunitProkaryotic large ribosomal subunit
      • 細胞器官・細胞要素: 23S rRNA23SリボソームRNA
        • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
    • 細胞器官・細胞要素: Alternative ribosome-rescue factor A
      • タンパク質・ペプチド: Alternative ribosome-rescue factor A
    • 細胞器官・細胞要素: Peptide chain release factor 2
      • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor 2
    • 細胞器官・細胞要素: P-site tRNA fMet
      • RNA: P-site tRNA fMet
    • 細胞器官・細胞要素: mRNA伝令RNA
      • RNA: mRNA伝令RNA

+
超分子 #1: Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2

超分子名称: Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #2: 30S subunit

超分子名称: 30S subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#5, #8
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: 50S subunit

超分子名称: 50S subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: Alternative ribosome-rescue factor A

超分子名称: Alternative ribosome-rescue factor A / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #5: Peptide chain release factor 2

超分子名称: Peptide chain release factor 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #6: P-site tRNA fMet

超分子名称: P-site tRNA fMet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7 / 詳細: P-site tRNA (fMet) was in vitro transcribed.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #7: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

+
超分子 #8: 23S rRNA

超分子名称: 23S rRNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 8 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #9: 16S rRNA

超分子名称: 16S rRNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 9 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #10: 30S ribosomal protein S3

超分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 10 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #11: 30S ribosomal protein S4

超分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 11 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #12: 30S ribosomal protein S5

超分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 12 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #13: 30S ribosomal protein S12

超分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 13 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 497.075812 KDa
配列文字列: AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA A ACGGUAGC ...文字列:
AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA A ACGGUAGC UAAUACCGCA UAACGUCGCA AGACCAAAGA GGGGGACCUU CGGGCCUCUU GCCAUCGGAU GUGCCCAGAU GG GAUUAGC UAGUAGGUGG GGUAACGGCU CACCUAGGCG ACGAUCCCUA GCUGGUCUGA GAGGAUGACC AGCCACACUG GAA CUGAGA CACGGUCCAG ACUCCUACGG GAGGCAGCAG UGGGGAAUAU UGCACAAUGG GCGCAAGCCU GAUGCAGCCA UGCC GCGUG UAUGAAGAAG GCCUUCGGGU UGUAAAGUAC UUUCAGCGGG GAGGAAGGGA GUAAAGUUAA UACCUUUGCU CAUUG ACGU UACCCGCAGA AGAAGCACCG GCUAACUCCG (PSU)GCCAGCAGC C(G7M)CGGUAAUA CGGAGGGUGC AAGCGUUA A UCGGAAUUAC UGGGCGUAAA GCGCACGCAG GCGGUUUGUU AAGUCAGAUG UGAAAUCCCC GGGCUCAACC UGGGAACUG CAUCUGAUAC UGGCAAGCUU GAGUCUCGUA GAGGGGGGUA GAAUUCCAGG UGUAGCGGUG AAAUGCGUAG AGAUCUGGAG GAAUACCGG UGGCGAAGGC GGCCCCCUGG ACGAAGACUG ACGCUCAGGU GCGAAAGCGU GGGGAGCAAA CAGGAUUAGA U ACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGAUG UCGACUUGGA GGUUGUGCCC UUGAGGCGUG GCUUCCGGAG CUAACGCGUU AA GUCGACC GCCUGGGGAG UACGGCCGCA AGGUUAAAAC UCAAAUGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU GUG GUUUAA UUCGAU(2MG)(5MC)AA CGCGAAGAAC CUUACCUGGU CUUGACAUCC ACGGAAGUUU UCAGAGAUGA GAAUGU GCC UUCGGGAACC GUGAGACAGG UGCUGCAUGG CUGUCGUCAG CUCGUGUUGU GAAAUGUUGG GUUAAGUCCC GCAACGA GC GCAACCCUUA UCCUUUGUUG CCAGCGGUCC GGCCGGGAAC UCAAAGGAGA CUGCCAGUGA UAAACUGGAG GAAGGUGG G GAUGACGUCA AGUCAUCAUG (2MG)CCCUUACGA CCAGGGCUAC ACACGUGCUA CAAUGGCGCA UACAAAGAGA AGCGA CCUC GCGAGAGCAA GCGGACCUCA UAAAGUGCGU CGUAGUCCGG AUUGGAGUCU GCAACUCGAC UCCAUGAAGU CGGAAU CGC UAGUAAUCGU GGAUCAGAAU GCCACGGUGA AUACGUUCCC GGGCCUUGUA CACACCG(4OC)CC GU(5MC)ACACCA UGGGAGUGGG UUGCAAAAGA AGUAGGUAGC UUAACCUUCG GGAGGGCGCU UACCACUUUG UGAUUCAUGA CUGGGGUGAA GUCG(UR3)AACA AGGUAACCGU AGG(2MG)G(MA6)(MA6)CCU GCGGUUGGAU CA

GENBANK: GENBANK: CP011320.1

+
分子 #2: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 941.790625 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MU)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAACC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACACAGG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGA AGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA GCUGA AAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AUACGG UGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCGG UAA ACGGCG GCCG(PSU)AACUA (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGAC(5MC)UG C ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUGAAGAUG CAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGAUGUGUA GGAUAG GUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUUUGAUG UUCUAAC GU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CCUAAAGAGU AACG GAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUUGACUGCG AGCGU GACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUCAACGGA UAAAAG GUA CUCCG(2MG)GGAU AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUUUGGCA(OMC)C UCG (2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUCGC CAUUUAAAGU GG UACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGU(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGGGCG CUGGAGAACU GAGGG GGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCCAA UGGCACUGCC CGGUAG CUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUUC UCCCUGACCC UUUAAGG GU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGAGCUAAC CGGUACUA A UGAACCGUGA GGCUUAACCU U

GENBANK: GENBANK: V00331.1

+
分子 #6: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.922644 KDa
配列文字列:
GGCAAGGAGG UAAAAAUG

+
分子 #7: P-site tRNA fMet

分子名称: P-site tRNA fMet / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.786785 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

GENBANK: GENBANK: LM993812.1

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Gene Name(s): rpsC b3314 JW3276 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 26.031316 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Gene Name(s): rpsD ramA b3296 JW3258 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Gene Name(s): rpsE spc b3303 JW3265 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

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分子 #8: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: Gene Name(s): rpsL strA b3342 JW3304 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.768157 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

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分子 #9: Peptide chain release factor 2

分子名称: Peptide chain release factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: Gene Name(s): prfB ECK2886 JW5847 supK / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 43.299844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHSAAL EVLFQGPGMF EINPVNNRIQ DLTERSDVLR GYLDYDAKKE RLEEVNAELE QPDVWNEPER AQALGKERSS LEAVVDTLD QMKQGLEDVS GLLELAVEAD DEETFNEAVA ELDALEEKLA QLEFRRMFSG EYDSADCYLD IQAGSGGTEA Q DWASMLER ...文字列:
HHHHHHSAAL EVLFQGPGMF EINPVNNRIQ DLTERSDVLR GYLDYDAKKE RLEEVNAELE QPDVWNEPER AQALGKERSS LEAVVDTLD QMKQGLEDVS GLLELAVEAD DEETFNEAVA ELDALEEKLA QLEFRRMFSG EYDSADCYLD IQAGSGGTEA Q DWASMLER MYLRWAESRG FKTEIIEESE GEVAGIKSVT IKISGDYAYG WLRTETGVHR LVRKSPFDSG GRRHTSFSSA FV YPEVDDD IDIEINPADL RIDVYRTSGA GGQHVNRTES AVRITHIPTG IVTQCQNDRS QHKNKDQAMK QMKAKLYELE MQK KNAEKQ AMEDNKSDIG WGSQIRSYVL DDSRIKDLRT GVETRNTQAV LDGSLDQFIE ASLKAGL

UniProtKB: Peptide chain release factor RF2

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分子 #10: Alternative ribosome-rescue factor A

分子名称: Alternative ribosome-rescue factor A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: Gene Name(s): arfA ECK3278 JW3253 yhdL / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 6.513396 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSMSRYQHTK GQIKDNAIEA LLHDPLFRQR VEKNKKGKGS YMRKGKHGNR GNWEASG

UniProtKB: Alternative ribosome-rescue factor A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
15.0 mMMg(CH3COO)2magnesium acetate
150.0 mMCH3CO2Kpotassium acetate
4.0 mMHOCH2CH2SH2-mercapthoethanol
2.0 mMC7H19N3spermidineスペルミジン
0.05 mMC10H26N4spermin
グリッドモデル: C-flat-2/0.5 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grids were blotted for 3.5 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 83822 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-25 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1005

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 155440
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 108.501 / 当てはまり具合の基準: Average FSC
得られたモデル

PDB-5u4j:
Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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