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- EMDB-7822: Cryo-EM structure of the zebrafish TRPM2 channel in the presence ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7822
タイトルCryo-EM structure of the zebrafish TRPM2 channel in the presence of Ca2+
マップデータSingle-particle cryo-EM reconstruction of TRPM2
試料
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 (TRPM2)
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily M
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Yin Y / Wu M / Borschel WF / Lander GC / Lee S-Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Visualizing structural transitions of ligand-dependent gating of the TRPM2 channel.
著者: Ying Yin / Mengyu Wu / Allen L Hsu / William F Borschel / Mario J Borgnia / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee /
要旨: The transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) channel plays a key role in redox sensation in many cell types. Channel activation requires binding of both ADP-ribose (ADPR) and Ca. The ...The transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) channel plays a key role in redox sensation in many cell types. Channel activation requires binding of both ADP-ribose (ADPR) and Ca. The recently published TRPM2 structures from Danio rerio in the ligand-free and the ADPR/Ca-bound conditions represent the channel in closed and open states, which uncovered substantial tertiary and quaternary conformational rearrangements. However, it is unclear how these rearrangements are achieved within the tetrameric channel during channel gating. Here we report the cryo-electron microscopy structures of Danio rerio TRPM2 in the absence of ligands, in complex with Ca alone, and with both ADPR and Ca, resolved to ~4.3 Å, ~3.8 Å, and ~4.2 Å, respectively. In contrast to the published results, our studies capture ligand-bound TRPM2 structures in two-fold symmetric intermediate states, offering a glimpse of the structural transitions that bridge the closed and open conformations.
履歴
登録2018年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月13日-
マップ公開2019年5月15日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d73
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7822.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle cryo-EM reconstruction of TRPM2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.061772756 - 0.13455923
平均 (標準偏差)0.00055624865 (±0.00646365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-3200
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z368.000368.000368.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0620.1350.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half 1

ファイルemd_7822_half_map_1.map
注釈Half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half 2

ファイルemd_7822_half_map_2.map
注釈Half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 ...

全体名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 (TRPM2)
要素
  • 複合体: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 (TRPM2)
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily M
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 ...

超分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 (TRPM2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily M

分子名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily M
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 167.608625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALGTSGVKI HPNGNSNQLG VQLENVKLTS LFKKLDKRCS LASWIKENIK KKECCFYVED GREGICKCGY PKVQHCDEAI KPEDYMGEQ WDKHRHVRET PTDAFGDISF GGLGQKTGKY VRVSSDTSCE NLYQLMTEQW KLRSPNLLIS VTGGAKNFYI K THLKDKFR ...文字列:
MALGTSGVKI HPNGNSNQLG VQLENVKLTS LFKKLDKRCS LASWIKENIK KKECCFYVED GREGICKCGY PKVQHCDEAI KPEDYMGEQ WDKHRHVRET PTDAFGDISF GGLGQKTGKY VRVSSDTSCE NLYQLMTEQW KLRSPNLLIS VTGGAKNFYI K THLKDKFR RGLIKVAQTT GAWILTGGTH AGVMKHVGMA VRDYTLSSGS MEGQIVVIGV APWGVIHNRS TLIHPEGRFP AY YSLDEQG QGRLSCLDIN HTHFLLVDDG TQGHYGVEIE LRARLEKLIS KLSLGNRESG VTIPVVCVVL DGGPGTLNTI YNS MLNHTP CVVLEGSGRL ADVIAHVASV PVSKVTMALI NRLLKRFFMQ EYKNFTELQI IEWTKKIQDI LRMPHLLTVF RIDE DKNYD VDVAILQALL KASRSDEHAG RHCWERQLEL AVAWNRVDIA ESEIFTEESQ WTSSDLHPAM FSALVGDKPE FVRLL LENG VCVREFLERE ETLCELYSHL PSCFFLRKLA KRVQGGKMRR GQEPLPGSRK VCLSHVSEEV RHLLGSFTQP LYIASR YKP TKDDVRLKVP SKGALDLPCS GEEWSADTVW DPGRDLFLWA VVQNNRELAE IGWEQCRDCI AAALAASKIL RKLAQES GE DDSEEATEML ELANHYEKQA IGVFSECHSW DAQRAQKLLI RISPSWGRST CLWLALEAHD KSFIAHSGVQ ALLTQIWC G ELSVDNPHWK VLLCMIFFPL IYTGFLTFRR DEDIQRQAER TEQQKLAMES VFAGQSDGKI KRHLRGFSQK SELKPLNCS SRLMSFLKSP QVKFYWNIAS YFGFLWLFAV VLMIDFQTSP SWRELLLYVW LTSLVCEEIR QLYHDFDGSG FRRKAKMYIK DLWNILDVL SIVLFIAGLI CRLQASDTVF YIGKVILCID FIIFCLRLMA IFSISRTLGP KIIIVRRMML DLFFFMFLLS I WVVAYGVA KQGILIENEE RLNWIIRGAV YEPYITIFGN FPTNIDNTLF DISSCSVNAS DPLKPKCPML NADNTPVFPE WL TIMMLCV YLLFANILLL NLLIAIFNYT FQEVQDNTDT IWKFQRYELI KEYHSRPALP PPFILLSHLI LFIRGVFLRD LPQ RHKNFR QELEQTEEEE LLSWEAYMKD NYLASTRQDE SQSVEHRIHD TAEKVGAMSE LLEREQEMV(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)DEEAPHM FARQLQYPDS TVRRFPVPEE KVSWEVNFSP YQPPVYNQQD SSESDTSALD KHRNPGGR T GIRGKGALNT LGPNHILHPI FTRWRDAEHK VLEFLAVWED AEKRWALLGG PAQPDEPLAQ VLERILGKKL NEKTKTLLK AGEEVYKGYV DDSRNTDNAW VETSIITLHC DKNTPLMADL NHMVESSLSS HQPLQWREVS SDACRCSYQR EALRQIAHHH NTYFSNSLE VLFQGPDYKD DDDKAHHHHH HHHHH

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-64 / 実像数: 3039 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1791114
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), RELION (ver. 2.1))
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7127


詳細: An initial model was generated from EMD-7127 low-pass filtered to 30 Angstrom resolution.
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 93573
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 100
得られたモデル

PDB-6d73:
Cryo-EM structure of the zebrafish TRPM2 channel in the presence of Ca2+

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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