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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7346 | |||||||||
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タイトル | CRISPR RNA-guided surveillance complex, post-nicking | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of Type 1-E Cascade-Cas3 complex at the state of post-NTS-nicking | |||||||||
試料 |
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生物種 | Thermobifida fusca (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiao Y / Luo M | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRISPR RNA-guided surveillance complex, post-nicking 著者: Xiao Y / Luo M / Liao M / Ke A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7346.map.gz | 60 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7346-v30.xml emd-7346.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7346.png | 115.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7346 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7346 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of Type 1-E Cascade-Cas3 complex at the state of post-NTS-nicking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pos...
全体 | 名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its post-nicking state |
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要素 |
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-超分子 #1: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pos...
超分子 | 名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its post-nicking state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12 |
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由来(天然) | 生物種: Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pcdf |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 105.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1428 / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 322268 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SAMUEL |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 10820 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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